بدأت الخلافات تظهر فى لجنة الخمسين لتعديل الدستور حيث جاء الخلاف حول بعض المواد الخاصة بالقوات المسلحة وإلغاء نسبة العمال والفلاحين وما يخص مدنية الدولة والعدالة الاجتماعية. كما شهد الاجتماع الثاني للجنة الخمسين خلافاً شديداً بين سامح عاشور نقيب المحامين، وضياء رشوان نقيب الصحفيين، وذلك أثناء مناقشة اللائحة الداخلية لعمل اللجنة. وقال رشوان إن عمرو موسى رئيس اللجنة، ومحمد سلماوي المتحدث الاعلامي لها، قد صدر عنهما تصريحات صحفية أثارت لغطاً، حيث إنهما قالا إن اللجنة سوف تضع دستوراً جديداً، وأشار رشوان الى أن هذه التصريحات تتسبب في لغط شديد لأن اللجنة لم تتخذ قراراً بأنها تعمل على دستور جديد، وذلك يتعارض مع نص الإعلان الدستوري الصادر عن رئاسة الجمهورية الذي كلف أعضاء اللجنة بتعديل مواد دستور 2012 ورد موسى قائلاً إنه وسلماوي لم يصرّحا بأن اللجنة سوف تُخرج دستوراً جديداً ولكن استخدمت لفظ "نص دستوري جديد" فأي نص يتم تعديله فهو جديد. واعترض سامح عاشور على هذا النقاش، وقال إن "ما يحدث يؤدي إلى خطف الأعضاء لاتجاه خاطئ، وأنا مع إعداد دستور جديد يتفق مع روح ثورتي يناير ويونيو المجيدتين، ولسنا هنا لغسل دستور 2012 من أخطائه سواء في الطائفية أو الإقصاء أو الخطف أو الاغتصاب، نحن هنا لإخراج منتج جديد، وقلت هذا لرئيس الجمهورية في أول لقاء معه" ورد موسى: "لسنا أمام نقاش لطبيعة عمل اللجنة، وعن تدخل ضياء رشوان فلدينا إعلان دستوري واضح، ومن يريد أن يعمل خارجه فليقل، ولسنا أمام حديث سياسي نزايد فيه على بعضنا بعضاً، وانتماء كل منا الى الثورة من عدمه"، وحاول موسى فضّ الاشتباك بأن قال سوف نناقش ذلك في اجتماع آخر، وقال عاشور: "إذا أخبرني إلى أي شيء وصلت وكانت الجلسة العامة قد شهدت مناقشات موسعة حول التصويت على المواد الخلافية، حيث طالب البعض بأن يكون التصويت بالتوافق فى حين طالب البعض الآخر بأن يكون التصويت فى حالة الخلاف ب75% من عدد أعضاء اللجنة فى حين اعترض البعض على ارتفاع النسبة، وطالبوا بأن التصويت بالموافقة بثلثى الأعضاء فى حالة الخلاف، بل إن العضو خالد يوسف طالب أن يكون التصويت على مواد الدستور بالتوافق وانتقد الأعضاء ومنهم السفيرة ميرفت التلاوى استهلاك الوقت فى مناقشة مواد اللائحة ورفض الأعضاء اقتراح بأن يتم تشكيل لجنة للتوافق على المواد الخلافية. وقال كمال الهلباوى: “نحن نفكر فى شىء لن يحدث وهو غياب 50%من الأعضاء وهو افتراض شىء خيالى وليس له وجود”، فيما أوضح الأنبا أنطونيوس عزيز أنه لا يجب أن تكون هناك لجنة وصية على الأعضاء. واقترح الدكتور السيد البدوى فى حالة حدوث خلاف أن يتم تأجيل الاجتماع 48 ساعة للوصول إلى توافق، وفى حالة عدم الوصول لأى اتفاق يحال الأمر إلى الجلسة العامة يتم التصويت ب75%لحسم الخلاف. من جانبه، اقترح اللواء مجد الدين بركات، أن يكون التصويت بالثلثين وأيد الرأى العضو طلعت عبد القوى ممثل الجمعيات الأهلية فى أن نسبة ال75% فى التصويت كبيرة، ويجب أن يكون هناك بديل فى حالة عدم الوصول لها، وقال خالد يوسف: “نحن عانينا فى الدستور السابق من عدم التوافق وأيد وجود نسبة التصويت عليها 75%، لافتا أنه من العيب أن نتحدث عن دستور مصرى لا يحصل على توافق فى مواده يصل إلى 75%حتى لو كان الأمر يتطلب جهدا وطاقة وتعب. وقالت السفيرة مرفت التلاوى: “إن الدكتور جابر نصار صاحب الصياغة وكان يجب أن يكون موجود”، وانتقدت استهلاك الوقت فى الحديث على مواد باللائحة، مطالبة بأن يكون التصويت على مواد الدستور بالتوافق كما طالبت التلاوى بإنشاء آلية لمراقبة عدم التمييز، وبألا تزيد نسبة أى من الجنسين فى أى مجلس منتخب على الثلث، أو النص على 30% من مقاعد أى مجلس للمرأة. وأشار الدكتور عبد الجليل مصطفى إلى أن مسألة التوافق هى مسئولية أعضاء اللجنة، لافتا إلى أنها فى الظروف الراهنة وتحت وقع المسئولية التى حملها لنا الشعب لا يمكن أن نجد مبررا فى أن نصل إلى توافق وقال الدكتور مجدى يعقوب إن التصويت ب75% ليس كافي وواجبنا أن نصل لتوافق على مواد الدستور، رافضا الاقتراح بأن نلجأ للجنة لحل الخلاف لأن هذا معناه “الفشل”، على حد قوله وقال الدكتور محمد أبوالغار، رئيس الحزب المصرى الديمقراطى عضو اللجنة: إن الدستور لا بد أن يتضمن عدداً من المبادئ الأساسية مثل: المساواة التامة بين المواطنين والعدالة الاجتماعية وخلق الظروف التى تعمل على تقوية المجتمع المدنى.. وطالب بالإبقاء على المادة الثانية من الدستور كما هى فى دستور 1971 دون أى إضافة أو تفسير. فيما طالب محمد سامى، رئيس حزب الكرامة، بتقليص صلاحيات رئيس الجمهورية وأن يتحول إلى موظف عمومى بدرجة رئيس دولة.