عقب المرشح الرئاسي السابق خالد على حوادث قطارات السكك الحديدية التي وقعت مؤخرا بأن ما يحدث فى السكة الحديد لغز كبير، قائلا : "حوادث متكررة" و "استغاثات مهملة" و "موازنات مهددة" و "قروض متزايدة". وأوضح علي خلال سلسلة من التغريدات له على موقع التواصل الاجتماعي "تويتر" أن كل قطاع الصحة يحصل على 4% من الموازنة العامة للدولة أما مرفق السكة الحديد فيحصل بمفرده على 2% من الموازنة العامة للدولة ولم يتم تطويره.
وتابع أن قطاع الصحة ينفق 50% من مخصصاته على الأجور، أما مرفق السكة الحديد فينفق 19% من مخصصاته على الأجور وباقي المخصصات لتطوير المرفق وهو ما لم يحدث.
وأشار إلى أن الحساب الختامي لهيئة السكك الحديدية عن عامي 2011-2012 أعادت الهيئة للدولة 26% من مخصصاتها كفائض في الميزانية وفى سبتمبر 2011 حصلت الهيئة على قرض من البنك الدولي ب 330 مليون دولار لتطوير خط السكة الحديد بين أسيوط وبنى سويف وبعد عام وقعت هذه الحوادث.