أمرت النيابة العامة بالتحفظ على سائق القطار رقم 162 ومساعده، المتهمين فى حادث قطارالبدرشين لحين الانتهاء من التحقيقات ومعرفة ظروف وملابسات الحادث. انتقل فريق من النيابة العامة إلى مستشفى البدرشين للاستماع إلى أقوال 2 من مصابي الحادث، واستدعاء 13 آخرين من المصابين الذين تم إسعافهم فور وقوعه ، نظراً لإصابتهم بإصابات طفيفة، كما أمرت النيابة باستدعاء سائق القطار رقم 990 للاستماع إلى أقواله فى الحادث
كشفت تحريات المباحث أن القطار 162 المتجه من القاهرة إلى أسيوط كان فى طريقه إلى التخزين بالقرب من محطة البدرشين، ليمر قطار 990 القاهرةأسوان، إلا أن الركاب رفضوا مرور القطار للتخزين، ونزلوا إلى الأرض ووضعوا قطعاً حديدية وأخشاباً على فلنكات السكة الحديد، مما تسبب فى سقوط عربتين من قطار 990، نتيجة السرعة، وعدم قدرة السائق على إيقاف القطار بالكامل.