أعلنت الكنيسة أنها قامت برفع دعوي قضائية اختصمت خلالها الدكتور عصام شرف، رئيس الوزراء، واللواء منصور العيسوي، وزير الداخلية، والمستشار عبد المجيد محمود، النائب العام، ووجهت لهم خلال الدعوي تهمة "التباطؤ ووقف التحقيقات الخاصة بقضية كنيسة القديسين" التي وقعت بداية العام بكنيسة القديسين بالإسكندرية. وقال جوزيف ملاك، أحد محامين الكنيسة، أن الدعوى تأتي بعد فشل كل المساعي لفتح التحقيقات في الملف، خاصة بعد البلاغات العديدة والشكاوى العديدة التي قدمتها الكنيسة عن أسر الشهداء والمصابين والتي تضمنت بلاغات للمحامي العام وبلاغ للنائب العام رقم 7870 لسنة 2011 والعديد من الشكاوى للمجلس العسكري. وأكد الدكتور كميل صديق سكرتير المجلس الملي أن صحيفة الدعوي تضمنت "أحداث الكنيسة وبشاعتها والتعامل الأمني معها وكيف خدع الأمن الجميع ببيانات غير صحيحة وأيضا قرار النائب العام بحظر النشر لمصلحة التحقيقات، وكان الاعتقاد بأنه بعد قيام الثورة ستستكمل التحقيقات فورا وانتظر أهالي الضحايا المجلس العسكري ليأخذ لهم القصاص العادل ممن كانوا وراء هذا العمل الإرهابي الذي راح ضحيته 21 ضحية وخلف وراءه أكثر من 100 مصاب بهم عاهة مستديمة وتحت العلاج حتى الآن". وطالبت الدعوى القضائية بسرعة إصدار حكم يلزم النائب العام ورئيس مجلس الوزراء ووزير الداخلية بفتح التحقيقات في هذا الملف وتقديم المتهمين الذين تكشف التحريات اتهامهم استكمالا للتحقيقات في الملف الأصلي واستكمالا للبلاغ 7870 بالأمر بمثول حبيب العادلي وسؤاله عن الملف الأصلي والاتهام الموجه إليه بالإهمال. كما طالبت النائب العام بصفته بالكشف عن آليات وأسباب صدور قرار الإفراج عن المتهمين المشتبه فيهم في هذا الحادث ومطالبة النائب العام بإلغاء قرار حظر النشر رسميا والإعلان عما وصلت إليه التحقيقات في هذا الملف وإعداد تقرير عن الحادث وآلياته وكيفية حدوثه وما ورد به من تقارير فنية.