قالت الجماعة الإسلامية، أن تشكيل لجنة الخمسين، جاء مؤكدا لشكوكها حول ما وصفته ب"استهداف مواد الشريعة والهوية". حيث ذكرت الجماعة في بيان لها، مساء الإثنين، أن " تشكيل لجنة الخمسين قد أوضح وبجلاء ما تحدثنا عنه من قبل من استهداف مواد الشريعة والمواد المتعلقة بالهوية.". وانتقد البيان حظر الأحزاب على أساس ديني، معتبراً أن ذلك إقصاء دستوري للتيارات الدينية "ليظل تيار واحد هو الذي يعبر عن وجهة نظر الانقلاب العسكري حتى لو تَسمّى أعضاؤه بالليبرالية أو اليسارية". واتهم لجنة الخمسين بأن تشكيلها جاء بصورة انتقائية لا يمكن أن تعبر عن دستور حقيقي – بحسب وصف الجماعة، منتقداً ما وصفه بعدم وضوح تمثيل المؤسسات القضائية، و بقلة عدد أساتذة القانون والدستور والشخصيات الاقتصادية، مضيفا "مما يؤكد أن هذه اللجنة عُينت لِتُقر فقط دستور موضوع سلفاً". واختتم البيان بالتأكيد على رفض تشكيل اللجنة ورفض الدستور الصادر عنها.