يتساءل الكثيرون حول بدايات إنشاء أول كنيسة قبطية في مصر، وتحديد موقع إنشائها، ولم تحدد كتب التاريخ بشكل دقيق مكان هذه الكنيسة، والأرجح أنه لما دخل القديس مارمرقس، أحد رسل السيد المسيح ال70، الملقب ب"كاروز الديار المصرية" أو "بشير المسيحية"، مدينة الإسكندرية، سنة 60 ميلادية، تمزق حذاءه من كثرة السير، وإذ ذهب به إلى الإسكافى "أنيانوس" - كان ابنًا لوالدين وثنيين - ليصلحه له دخل المخراز فى يده، فصرخ: "يا الله الواحد"، فلما سمع القديس مرقس ذلك، مجد السيد المسيح، ثم أخذ ترابًا من الأرض وتفل عليه ووضعه على إصبع "أنيانوس" فبرئ في الحال، وذهب مارمرقس بعد ذلك إلى منزل "أنيانوس"، وبدأ يحدثه عن السيد المسيح، فآمن هو وأهل بيته، ثم جعل داره كنيسة، لتكون أول كنيسة قبطية في مصر، ويرجح أنها المعروفة بكنيسة القديس الشهيد مار مرقس، ومكانها الآن الكنيسة المرقسية بالإسكندرية. وهاج آنذاك الشعب الوثنى فاضطر مامرقاس أن يترك الإسكندرية؛ ليذهب إلى الخمس مدن الغربية "برقة" بليبيا ومنها إلى روما، حيث كانت له جهود تذكر فى أعمال التبشير عاون بها الرسول بولس، لكنه ما لبث أن عاد إلى مصر؛ ليتابع العمل الذى بدأه، وعاد إلى الإسكندرية عام 65 ميلادية؛ ليجد الإيمان المسيحى قد ازدهر، فقرر أن يزور المدن الخمس، وعاد ثانية إلى الإسكندرية؛ ليستشهد فى منطقة بوكاليا، على أيدى الوثنيين. وتعد الكنيسة المرقسية بالإسكندرية من أقدم الكنائس في مصر، وتقع بحي المسلة قسم العطارين ولها مدخلان الأول بشارع كنيسة الأقباط، والثاني من شارع النبي دانيال قرب محطة ترام الرمل وميدان سعد زغلول.