يعتمد اختيار المرشد الأعلى للثورة الإيرانية، على نص المادة الخامسة من الدستور الإيراني، والتى تنص على أن منصب المرشد الأعلى للثورة الإيرانية، قائد إيران المنوط بولاية الأمر وإمامة الأمة فى الجمهورية الإسلامية الإيرانية فى زمن غيبة الإمام المهدي، وتكون بيد الفقيه العادل المتقى العالم بأمور زمانه، الشجاع الكفء فى الإدارة والتدبير، الذى يتولّى هذا المنصب وفقا للمادة 107 من الدستور، التى تنص كذلك على تساوى القائد مع عامة الشعب أمام القانون. وبحسب المادة 109 من الدستور الإيرانى يجب توفير كل من «الكفاءة العلمية اللازمة للإفتاء فى مختلف أبواب الفقه، والعدالة والتقوى اللاّزمتين لقيادة الأمة الإسلامية، والرؤية السياسية والاجتماعية الصحيحة، والتدبير والشجاعة والكفاءة الإدارية والقدرة الكافية للقيادة» فى صفات المرشد الجديد، حتى يمنح سلطة مدى الحياة على أنه الفقيه الحاكم، بحسب عقيدة «ولاية الفقيه». ويرجع اختيار المرشد إلى ما يسمى «مجلس خبراء القيادة» بحسب المادة 107 من الدستور الإيراني، كما أن مجلس الخبراء هو الهيئة السياسية فى النظام السياسى الإيراني، والدستورية الوحيدة التى تملك الصلاحيات لعزل المرشد بحسب المادة 111، دون أن يستخدم هذا الحق منذ تشكيله عام 1979، ويضم الآن 86 عضوا، يتم اختيارهم بالاستفتاء الشعبى المباشر لدورة واحدة كل ثمانى سنوات. وكشف معهد واشنطن للدراسات عن الاسم المحتمل لخلافة المرشد الأعلى للثورة الإيرانية «الخامنئي»، -الذى يمر فى الفترة الحالية بوعكات صحية بعد تجاوزه السابعة والسبعين من العمر-، حيث أكد أن «هناك دورين بارزين من المحتمل أن يرثهما محمود الهاشمى الشاهرودى رجل الدين الإيرانى ورئيس السلطة القضائية السابق، دور المرشد الأعلى المقبل للجمهورية الإيرانية ودور السلطة الدينية العليا للشيعة». وأوضح التقرير الذى أعده الباحث «نهدى خلجي» الذى يحمل عنوان «مستقبل الزعامة فى المجتمع الشيعي» أنه «مما يسهل احتمال حدوث ذلك هو تقدّم المرشد خامنئى فى السن حيث إنه فى السابعة والسبعين من عمره، شأنه شأن على السيستانى الذى يقيم فى العراق ويبلغ من العمر السادسة والثمانين، ويعتبر السلطة الدينية الأكثر تقليدًا بين الشيعة»، لافتًا إلى أنه «وفقًا للتقاليد الشيعية فإن الشاهرودى ينتمى إلى نظام يسمح لعدد من آيات الله بالعمل بشكل مستقل دون أى صلة بمؤسسة ما أو أى تعاون معها». وتابع: إن «ثروة المرجع الشيعى وأصوله المادية، إلى جانب مزاياه الرمزية كالمكانة الاجتماعية، لا تنتقل إلى أى خليفة محدد، بل إن مساعدى المرجع المتوفى هم الذين يختارون ما بين الاستمرار بتطبيق مراسيمه أو اختيار مرجع جديد من بين العديد من المراجع الذين لا يزالون على قيد الحياة، الأمر الذى يفسر الفراغ الذى تخلفه وفاة مرجع ما والمنافسة المحتدمة التى تنشأ عنها لاستقطاب أتباعه».