لا تعتمد وزارة الآثار على المستشارين، ولا يوجد للوزير خالد العنانى طابور منهم، فالأمور تحت سيطرة رؤساء القطاعات ومديرى المحافظات، الذين يمكن القول إنهم «مستشارون مقنعون». وعلى أرض الواقع فإن لوزارة الآثار هيكلين وظيفيين، فهناك الهيكل الرسمي، يقابله «هيكل القوي»، الذى يتشكل من أشخاص لهم «يد عليا» بغض النظر عن المسمى الوظيفي. وفور تولى الدكتور العنانى حقيبة الوزارة أصدر قرارًا بتفويض مدير مكتبه، محمد رمضان، فى التعاملات الإدارية الخاصة بالوزير، وهو مسئول عن تسيير العمل والتواصل مع رؤساء القطاعات المختلفة والتنسيق بينهم. ويعتبر منصب سكرتير الوزير من أبرز مراكز القوى بالوزارة، وتشغل هذا المنصب منذ عهد الدكتور زاهى حواس، نشوى جابر، التى تلقب ب«المرأة الحديدية»، لتحكمها فى العديد من الأمور داخل الوزارة وخاصة فيما يخص مديرى المحافظات الأثرية. ويشغل الدكتور مصطفى أمين، منصب الأمين العام للمجلس الأعلى للآثار منذ ما يقرب من أسبوعين، بعدما أصدر العنانى قراره بمنحه كامل صلاحيات الوزير الخاصة بالشئون القانونية ليكون المسئول عن كل ما يخص الوزارة من الناحية القانونية. وعلى الصعيد الوظيفى فإن وزارة الاثار تنقسم إلى خمسة قطاعات، الأول هو قطاع الآثار المصرية والفرعونية، ويرأسه الدكتور محمود عفيفي، ويتقاضى حوالى 4500 جنيه شهريا، بخلاف ما يتقاضاه لقاء رئاسته للجان وللمشاريع الأثرية، وهو ذات الراتب الذى يحصل عليه نظراؤه من رؤساء القطاعات. القطاع الثانى هو قطاع الآثار الإسلامية والقبطية، ويرأسه سعيد حلمي، ويختص بالآثار الإسلامية واليونانية والرومانية، ويتقاضى حوالى 4500 جنيه شهريا، بخلاف ما يتقاضاه لقاء رئاسته للجان المختلفة وللمشاريع الاثرية الخاصة بالآثار الإسلامية والقبطية فى المحافظات المختلفة. أما القطاع الثالث فهو قطاع المتاحف، وترأسه إلهام صلاح، ويختص بكل ما يتعلق بالمتاحف من إنشاء وتجهيز ومتابعة سيرة العمل، بالإضافة لاختيار القطع الأثرية لبعض المتاحف، كما يتم الإشراف على كل ما يخص المعارض الخارجية التى تتعاقد عليها الوزارة لعدم وجود قطاع خاص بالمعارض حاليا. ويرأس المهندس وعدالله أبوالعلا، قطاع المشروعات، وهو مسئول عن متابعة كل المشروعات الخاصة بالوزارة ومتابعتها مع الجهات المختصة وتلبية كل ما تطلبه هذه المشروعات، ويتقاضى راتبًا حوالى 4500 شهريا. القطاع الخامس هو قطاع التمويل، وترأسه سمية بنيامين، وهى المسئولة عن بحث سبل تمويل المشروعات التى تنفذها وزارة الآثار، حيث إن الوزارة ليس لها ميزانية مخصصة من الدولة، ووفقا للوضع الحالى من نقص موارد الوزارة بسبب قلة السياحة يصبح توفير التمويل معتمدا على المنح والقروض. وتتقاضى حوالى 4500 جنيه شهريا، بخلاف ما تتقاضاه لقاء رئاستها للجان المختلفة وللمشاريع فى المحافظات المختلفة.