في الوقت الذي يطالب فيه الأثريون وزير الآثارالدكتور محمد إبراهيم بتطهير الوزارة من الفساد والقيادات غير القادرة علي تحقيق أحلامهم، قرر بعضهم القيام بخطوة فعلية لتحقيق ذلك والتقدم بمشروع مقترح لإعادة هيكلة وزارة الدولة لشئون الآثار أعده كل من "إبراهيم أحمد متولي" مدير إدارة الآثار الغارقة والملاحية لنهر النيل و"محمد مصطفى محمد عبد المجيد" مدير عام منطقة آثار الإسكندرية. وأشار المقترح إلي أنه من أبرز سلبيات الهيكل الحالي أن قطاع الآثار الإسلامية الذي خرج من رحم ما كان يسمى لجنة الآثار العربية، وهو يوازي قسم الآثار الإسلامية في كليات الآثار، وأصبح قطاعاً دينياً من الطراز الأول ولكنه مختلط فيضم الآثار الإسلامية والقبطية واليهودية، وهو في الحقيقة ليس مختصا بفترة تاريخية محددة بل طبيعة الآثار التي تتبع له.
وأوضح المقترح أن طريقة العمل الحالية جعلت الأثريين يعملون جميعا في جزر منعزلة فكل قطاع مستقل تماما حتى أن له لجنة دائمة خاصة به ولا يوجد رابط حقيقي بين تلك القطاعات ينسق بينها ويبدو ذلك واضحا في الميزانية التي تكون أحيانا فائضة عن حاجة قطاع في الوقت الذي يعاني فيه قطاع آخر ماديا.
وأفادت الدراسة بأن أبرز ملامح الهيكل المقترح والرؤية التي بنى عليها هي ربط الدراسة في الجامعة بالعمل الأثري في الوزارة وتحويل العمل بها إلى نظام المديريات الجغرافية المركزية وإعادة هيكلة القطاعات لتتبع التقسيم العلمي والوظيفي ولتكون حسب طبيعة العمل وليس حسب الفترات التاريخية وإنشاء إدارات خاصة بالتدريب وإعادة التأهيل. وأضافت أنه يجب تقسيم العمل بشكل عام إلى قطاعات على أساس وظيفي بحبث يختص كل منها بنوع من الأعمال، عمل حقلي يعمل به أثريون يقومون بأعمال الحفائر والمسح الأثري والإشراف على الأراضى الملك والمخضعة، وعمل متحفي يختص بالمتاحف والمناطق المفتوحة للزيارة والمخازن المتحفية. وأشارت إلي أن القطاع المتحفي يهدف لنشر الوعي الأثري وعرض التراث الثقافي ويجب أن يتبع أسس علم المتاحف، ويقوم على العمل البحثي والتوثيقي البحت ويضم مراكز نظم المعلومات ومراكز التسجيل والبحوث والدراسات والنشر العلمي، فضلا عن ضمه العمل المالي والإداري بفروعه تمويل وشئون مالية وإدارية وغيرها.
وأوصي المقترح بإنشاء قطاع للأمن يختص بالتصاريح الأمنية وحراسة المناطق والمتاحف الأثرية ومتابعة محاضر التعديات وأعمال الإزالة، مع ضرورة تفعيل دوره ليضطلع بمسئولية تأمين المواقع الأثرية والمخازن والمتاحف والإدارات والمرافق، وأن يكون له دور رئيس في متابعة محاضر التعديات في أقسام الشرطة والنيابات والمحاكم وكذلك في التنسيق والمتابعة مع الجهات المختصة بإزالة التعديات والتعاون معها في هذا الشأن، كل ذلك ليتفرغ الأثري للعمل الأثري والعلمي ويتخلص من هذا العنت الذي هو بعيد كل البعد عن تخصصه الفني وطبيعة عمله.