بعد أن تصاعد الخلاف بين محافظة القاهرة ووزارة الآثار على أرض الحزب الوطني، إثر تمسك وزارة الآثار بحقها فى الأرض بعد تصريح الدكتور ممدوح الدماطى الذى أكد فيه أن قرارًا صدر بأن أرض الحزب الوطنى عادت إلى الآثار، وإعلان محافظة القاهرة أن أرض المتحف تابعة بالفعل لها وأنها لن تدخل طرفا فى الصراع وتنتظر قرار اللجنة التى شكلها رئيس الوزراء لوضع التصور المثالى لاستخدام الأرض- دخلت محافظة القاهرة فى صدام جديد مع وزارة الآثار بشأن «بحيرة عين الصيرة» بعد قرار محافظ القاهرة بانتزاعها من متحف الحضارة وهى جزء من سيناريو عروض المتحف والتى أنشئ المتحف على أساسها، حيث كانت من أهم مناطق الاستشفاء فى الشرق الأوسط. فيما أكد المجلس الأعلى للآثار عدم وجود أى تعديات من محافظة القاهرة على بحيرة عين الصيرة لأن البحيرة خاضعة للمحافظة من الأساس وأن هناك تنسيقا بين وزارة الآثار ومحافظة القاهرة لعمل بانوراما عرض متكاملة تضم المتحف والجزيرة. وتكمن مشكلة البحيرة فى أن أحياء مصر القديمة والخليفة وحى السيدة زينب الواقعة البحيرة بحرمها لم تحدد إلى أى حى تتبع ومن القائم والمشرف عليها وأصبحت البحيرة تائهة بين الثلاثة أحياء وفقا للخرائط المحذوف منها البحيرة أو الرسم الهندسى الذى لم يحدد مكانها بشكل واضح. مشكلة «قصر محمد علي» وعلى صعيد آخر، كان الخلاف بين الوزارة والمحافظة قد اشتد بعد بناء محافظة القاهرة قاعة أفراح بحرم قصر محمد على فى حديقة القصر بالمخالفة لقانون حماية الآثار رقم «117» لسنة 1987 وإنشاء تندة حديدية ملاصقة للقصر تساعد على التسلق والدخول للقصر بسهولة ومن ثم نهب محتوياته. وقامت وزارة الاثار بمخاطبة محافظة القاهرة عن طريق وزير الآثار الدكتور ممدوح الدماطى لإزالة التعدى وقامت بعمل مذكرة لعرض الموضوع على لجنة التعديات لعرضها على اللجنة الدائمة للآثار الإسلامية والقبطية لسرعة استصدار قرار من الجهات اللازمة لإزالة التعدي. وأكد الأمين العام للمجلس الأعلى للآثار أن محافظة القاهرة لم ترسل أى رد حول تعديها على حرم قصر محمد على بالمنيل ببناء قاعة للأفراح فى حديقة القصر الذى يعرضه للسرقة والنهب نتيجة إقامة الأفراح بالقاعة.