تباينت آراء الخبراء حول امكانية استقلال بورصة النيل بمجلس إدارة منفصل فمنهم من رأي ضرورة الاستقلال خاصة أن هناك اتجاها لتحويل بورصة النيل إلي سوق مستقلة ومنافسة للبورصة الرئيسية بعد 4 أو 4 سنوات، ويكون لها قواعدها ولوائحها الخاصة. وير آخرون أن بورصة النيل في الوقت الحالي لا تحتمل مجلس إدارة مستقل وبالتالي فلا بد بالاكتفاء بمقعدها الخالي من الانتخابات السابقة لمجلس إدارة البورصة وإعادة الانتخاب علي هذا المقعد مرة أخري. كان ماجد شوقي رئيس البورصة قد أكد أن مجلس إدارة البورصة سيقوم بإرسال مقترح لوزير الاستثمار لفتح باب الترشيح لانتخابات مجلس إدارة البورصة علي المقعد الخاص بممثلي شركات بورصة النيل وذلك بعد تدشينها. يذكر أن رئيس الجمهورية كان قد أصدر قرارا رقم 191 لسنة ،2009 بشأن الاحكام المنظمة لإدارة البورصة المصرية وشئونها المالية وقد أكد القرار علي ضرورة قيام البورصة المصرية باتخاذ التدابير والإجراءات اللازمة لتوقي مخالفة القواعد والاحكام المنظمة للسوق وللتعامل فيه، ورصد ما يقع من مخالفات والعمل علي تصويبها ومواجهة الآثار المترتبة عليها. كما نص القرار علي اختصاصات مجلس إدارة البورصة المصرية ومهامه، ومن أهمها اصدار القرارات والقواعد اللازمة لحسن سير العمل وسلامة واستقرار المعاملات في البورصة المصرية، وتشكيل لجان قيد الأوراق المالية في جداول البورصة المصرية، ولجان التداول والعضوية بها وسائر اللجان الأخري وضع نظام العضوية في البورصة المصرية وإجراءات قيد ومراقبة الاعضاء، وضع القواعد الخاصة اللازمة لتسيير العمل واتاحة المعلومات اللازمة للمتعاملين بالبورصة المصرية. وتضمن القرار تشكيل مجلس إدارة البورصة المصرية برئاسة رئيس البورصة وممثل عن البنك المركزي المصري يختاره محافظ البنك اضافة إلي ثلاثة أعضاء ممثلين للشركات العاملة في مجال الاوراق المالية يتم اختيارهم بالانتخابات وفقا للقواعد والإجراءات التي يصدر بها قرار من الوزير المختص وكذلك ممثل للبنوك القائمة بنشاط أمناء الحفظ يتم اختياره بالانتخاب وفقا للقواعد والإجراءات التي يصدر بها قرار من مجلس إدارة اتحاد البنوك. والأهم هو أن يضم المجلس ممثلين اثنين عن الشركات المقيدة بالبورصة المصرية، من غير الشركات العاملة في مجال الأوراق المالية، علي أن يكون أحدهما عن الشركات الصغيرة والمتوسطة، ويكون الاختيار عن طريق الانتخاب وفقا للقواعد والإجراءات التي يصدر بها قرار من الوزير المختص. أكد هاني حلمي رئيس مجلس إدارة شركة الشروق لتداول الاوراق المالية ضرورة أن يكون لبورصة النيل مجلس إدارة مستقبل حتي تأخذ كل بورصة كيانها القانوني المستقل خاصة أن كل شيء في البورصة الوليدة مختلف عن البورصة الأم وهو ما يستدعي وجود هذا المجلس للحفاظ علي حقوقها وكيانها. شدد علي ضرورة وضع قواعد لقيد الشركات في بورصة النيل وخروجها فإذا زادت قيمة الشركة السوقية عن حد معين يتم نقلها إلي السوق الرئيسي الذي سوف تخضع فيه الشركات لذات المعايير ولكن بشكل عكسي حيث اذا انخفضت القيمة السوقية عن حد معين في البورصة الأم يتم نقلها لبورصة المشروعات الصغيرة والمتوسطة. من جانبه، أكد عادل عبدالفتاح رئيس مجلس إدارة شركة ثمار لتداول الأوراق المالية أن بورصة النيل في الوقت الحالي لا تحتمل مجلس إدارة مستقل وبالتالي فلا بد بالاكتفاء بمقعدها الخالي من الانتخابات السابقة لمجلس إدارة البورصة وإعادة الانتخاب علي هذا المقعد مرة أخري. أضاف أن الوقت غير كاف للحكم علي البورصة خاصة أن حجم التداولات لم يتجاوز ال70 ألف جنيه. ويتفق مع الرأي السابق أحمد شلبي مسئول الاستثمار بشركة كايرو كابيتال مؤكدا علي ضرورة الاكتفاء بمقعد لبورصة النيل في مجلس إدارة البورصة لأن القول بغير ذلك غير منطقي خاصة أن بورصة المشروعات الصغيرة والمتوسطة بل البورصة المصرية نفسها مازالت سوقا ناشئة تبحث عن عوامل الاستقرار ولا تتحمل هذا التعدد. وعلي عكس الرأي السابق يري مصطفي الاشقر مدير الاستثمار بشركة جرانيد انفستمنت أن يكون لبورصة النيل مجلس إدارة مستقل خاصة أن هناك اتجاها لتحويل بورصة النيل إلي سوق مستقلة ومنافسة للبورصة الرئيسية بعد 3 أو 4 سنوات، ويكون لها قواعدها ولوائحها الخاصة.