قدمت 17 منظمة حقوقية، طعنًا أمام محكمة القضاء الإداري بمجلس الدولة للمطالبة بوقف تنفيذ وإلغاء قرار وزير العدل رقم 4991 لسنة 2012، والذي يعطي للضباط وضباط صف المخابرات الحربية والشرطة العسكرية سلطة الضبطية القضائية في الجرائم التي تقع من المدنيين. وتوجه الطعن ضد كل من رئيس المجلس الأعلي للقوات المسلحة، ووزير العدل، وزير الدفاع، والنائب العام، ورئيس هيئة القضاء العسكري، والمدعي العام العسكري، بصفاتهم. وقالت المنظمات إن القرار اختلق صلاحيات استثنائية لا سند لها في القانون، بما يشكل التفافًا صارخًا علي الإنهاء الرسمي لحالة الطوارئ، مما يعد تأسيسًا لغطاء قانوني “يبيح تدخل القوات المسلحة في الحياة اليومية للمصريين”، علي حد تعبيرهم. وجاء في عريضة الطعن: “إذا ما وضع في الاعتبار أن صدور القرار يقترن بحالة من التأزم والاحتقان السياسي الهائل وثيق الصلة بإخفاقات المجلس العسكري في إدارة شئون البلاد خلال المرحلة الانتقالية، فإن ذلك من شأنه تعريض آلاف المدنيين للملاحقة وبالإحالة للقضاء العسكري”. وطالب الطعن رقم 46282 لسنة 66 قضائية، بالوقف الفوري للقرار الذي يخول لهؤلاء الضباط سلطة الضبط القضائي في كل من: الجنايات والجنح المضرة بأمن الحكومة من جهة الخارج والداخل، والمفرقعات بالإضافة إلي مقاومة الحكام وعدم الامتثال لأوامرهم والتعدي عليهم بالسب وغيره، وكذا إتلاف المباني والآثار وغيرها من الأشياء العمومية، وتعطيل المواصلات، وأيضًا التوقف عن العمل بالمصالح ذات المنفعة العامة والاعتداء علي حرية العمل، وأخيرًا الترويع والتخويف والبلطجة. واستدل الطعن علي النية المبيتة للمجلس العسكري لتمرير هذا القرار بتصريحات اللواء عادل مرسي رئيس هيئة القضاء العسكري، بأن: “القرار جاء لمعالجة الفراغ التشريعي لتواجد القوات المسلحة بالشارع، وإن صلاحية وزير العدل في إصدار القرار، جاء بنص المادة 23 من قانون الإجراءات الجنائية والتي تمنحه الحق في إصدار قرار منح صفة الضبطية القضائية لبعض الموظفين العموميين في مجال عملهم وفقًا للحاجة لذلك، وتري المنظمات الحقوقية الطاعنة بأن وزير العدل خالف القانون بهذا القرار، خاصة المادة 23 من قانون الإجراءات الجنائية، حيث إن سلطة الضبط القضائي يجوز منحها بشرط أن تكون الجرائم في دائرة اختصاصه ومتعلقة بأعمال وظيفته. ولا ينص القانون علي منح العسكريين سلطة ضبط قضائي ضد المدنيين، وبالتالي إن ما قرره وزير العدل بشأن تحديد اختصاصات مأموري الضبط القضائي لا يجوز أن يصدر بمقتضي قرار إداري وإنما يتم تحديد تلك الاختصاصات بموجب قانون. ومن ضمن المنظمات الطاعنة: الشبكة العربية لمعلومات حقوق الإنسان، مركز النديم لتأهيل ضحايا العنف والتعذيب مركز هشام مبارك للقانون.
