أثارت إقالة كبار المسئولين في الجيش المصري على يد الرئيس محمد مرسي مخاوف في الاوساط السياسية الاسرائيلية واعتبره كثيرون زلزالا عنيفا له تأثير بشكل أو بآخر مستقبلا. وقال مسئول حكومي إسرائيلي كبير طلب عدم نشر اسمه من السابق لأوانه إجراء أي تقويم لأن كل شيء يتطور في مصر، لكننا نتابع الأمر عن كثب ومع بعض القلق مما يجري هناك. وأضاف أن التعاون العسكري أصبح أكثر ضرورة من أي وقت مضى لاستعادة الهدوء في سيناء، وتعرف القيادة العسكرية المصرية الجديدة ذلك ولكن يبقى السؤال هو ما الذي يريده المسئولون المصريون. ووفق المسئول، فإن "هذا السؤال من دون إجابة لأن الحكومة المصرية الجديدة ترفض أي اتصال مع إسرائيل، وهذا مقلق لأن غياب قنوات الاتصال قد يكون لديه أثر سلبي جداً في المسار الفلسطيني الذي تتمتع فيه مصر دائماً بدور رئيس. ورأى الخبير في شئون الدفاع في صحيفة «يديعوت احرونوت» اليكس فيشمان أن الوضع الجديد في مصر عبارة عن "زلزال خطر على إسرائيل". ورأت صحيفة "معاريف" أنه عبارة عن «استنزاف وهذا ليس بفأل جيد على إسرائيل». وأشارت "معاريف" إلى أن وزير الدفاع المصري الجديد الفريق عبدالفتاح السيسي يعرف جيداً المسئولين الأمنيين الإسرائيليين، خصوصاً نظيره ايهود باراك والمسؤول الدفاعي عاموس غلعاد إضافة إلى المبعوث الخاص لرئيس الوزراء الإسرائيلي إسحق مولخو ،لكن المسئولين الاسرائيليين يعتبرون السيسي ناقداً لاذعاً وبارداً تجاه اسرائيل. من جهته، قال زعيم المعارضة رئيس حزب كاديما شاؤول موفاز للإذاعة العسكرية إن مصلحة إسرائيل في هذه المرحلة من التغيير في مصر هي الحفاظ على معاهدة السلام وبذل جهود كبيرة للتعاون مع هذه الدولة في مجالات الاقتصاد والامن والاستخبارات. ووفق موفاز، فإن الرئيس مرسي رجل عقلاني ويعرف أنه من مصلحة اسرائيل ومصر التعاون في سيناء... اسرائيل تستطيع مساعدة الجيش المصري. ويلفت شيمون شامير، وهو سفير اسرائيلي سابق في مصر، إلى أنه على المدى المتوسط يواجه مرسي مشاكل في إعادة البناء الاقتصادي والامن في سيناء. وقال للإذاعة العسكرية إن مرسي يأتي من الاخوان المسلمين ولذا أساساً لا يمكنه الاعتراف بشرعية إسرائيل حتى لو كان يستطيع استيعابها براجماتياً. ويرى خبير الشئون العربية في صحيفة معاريف اوديد غرانوت أن المشكلة الرئيسة في العلاقات الاسرائيلية المصرية في عهد مرسي تأتي من رفض مصر لإقامة علاقات سياسية مع اسرائيل، ما عدا في مجال التعاون العسكري.