أكد رئيس تنظيم القاعدة د.ايمن الظواهري أن المعركة في مصر لم تنتهي ولكنها بدأت موضحا على الثورة أن تستمر والأمة الإسلامية أن تقدم الضحايا والقرابين. وأوضح الظواهري عبر فيديو مصور على موقع التواصل الاجتماعي فسيبوك أن كثير من القيادات الإسلامية اثنوا على أن المجلس العسكري ومدحهم وتناسوا عقيدة وسلوك وتاريخ المجلس العسكري موضحا انه كان يجب أن يثور الإسلاميين عليه ولكنهم سلموا للعلمانية بالتخلي عن هويتهم من أول خطوة. وتابع قائلا لقد اخطأ الإسلاميين حينما أقاموا أحزاب إسلامية منفردة ولم يتحدوا في حزب واحد لتحكيم الشريعة الإسلامية منتقدا السلفيين بانشقاقهم عن الإخوان لتوحيد الصف الإسلامي و تطبيق الشريعة. وشدد الظواهري على أن انشقاق الإسلاميين في الانتخابات الرئاسية فانشق الإخوان على أنفسهم ومارسو العمل على القواعد العلمانية مشيرا إلى أن الإخوان بحثوا عن أصوات العلمانيين والنصارى وخصوم الشريعة. وأضاف أن المعركة في مصر واضحة بين العلمانية المتحالفة مع الكنيسة والمستندة لتأييد العسكر صناع مبارك والأمريكان وبين الإسلاميين في مصر. وأكد الظواهري أن المجلس العسكري الذي لا يملك أعطى الشرعية المزعومة للقضاء الفاسد الذي لا يستحق مضيفا أن المحكمة الدستورية العليا هي محكمه علمانيه بغيضة ويتحكمون بها الذئاب واللصوص.