كشف التقرير الذي اعدته مؤسسة حرية الفكر والتعبير الخاص بتوثيق الانتهاكات الاكاديمية خلال عام2009 2010 عن تعرض381 طالبا للانتهاكات من85 طالبا من طلاب الجامعات المصرية للقبض قبل الجهات الامنية. حيث تراوحت مدد احتجازهم ما بين اربعة ايام الي خمسة عشر يوما الا ان البعض منهم صدر بحقهم قرار بالاعتقال, مما جعلهم يمكثون مددا وصلت الي ثلاثة اشهر في بعض الاحيان ومثول الطلاب للتحقيق ومجالس التأديب, حيث خضع161 طالبا للتحقيق, كما تعرض135 طالبا لمجالس التأديب, وقد وصلت العقوبات الي الفصل, اضافة الي الحرمان من دخول الامتحانات في مادة او مادتين اضافة الي صدور119 قرارا من عمداء الكليات تتضمن حرمان الطلاب من دخول مادة او مادتين من مواد الفصل الدراسي الثاني دون اجراء اي تحقيقات مع الطلاب وهو ما دفعهم الي اللجوء للقضاء الإداري الذي حكم لصالح الطلاب مقررا الغاء العقوبة ولجوء رجال الامن عمال الكليات والبلطجية للعنف المتجسد في كيل الضرب المبرح للطلاب وانزال الاذي بهم. وتناول التقرير الذي اعلنت عنه المؤسسة امس في مؤتمر صحفي عرضا لانتخابات عدد من نوادي واعضاء هيئة التدريس بالجامعات المصرية بالاضافة الي انتخابات الاتحادات الطلابية بالجامعات المصرية واتسمت انتخابات نوادي اعضاء هيئة التدريس بالعديد من الممارسات السلبية التي جعلت ممارسة الحق في التنظيم امرا عسيرا فقد اعتمدت العملية الانتخابية علي آلية شطب واستبعاد المرشحين وحسمت الانتخابات بالنوادي لصالح الاساتذة الذين تدعمهم ادارات الجامعات ولم يختلف الوضع بالنسبة لانتخابات الاتحادات الطلابية والتي ركزت علي نفس الآلية وتأتي الغالبية العظمي من قيادات اتحادات الطلاب بالجامعات المصرية, عبر التزكية والتعيين من قبل ادارة الجامعة. واعتبر التقرير ابرز قضايا الفساد وهي ازمة تعاقد جامعة عين شمس مع احدي الجامعات الدولية الوهمية, وذلك بعد رفع المصروفات التي وصلت الي20 الف جنيه والذي اثر سلبا علي ممارسة الحق في التعليم.