تباينت آراء الأحزاب السياسية بشأن الآلية التي يتم علي أساسها اختيار المحافظين وفقا لقانون المحليات الجديد, فيما رأي البعض أن نظام الانتخاب سيفتح الباب أمام المحسوبية والفساد, يري البعض أن تعيين المحافظين هو الأفضل في الوقت الحالي نظرا لوجود محافظات حدودية تحتاج لأصحاب الخبرة والكفاءة, فضلا عن أن هذا النظام سيخضعهم للمساءلة وسحب الثقة منهم. وقال حسين عبد الرازق, عضو المكتب السياسي لحزب التجمع, إن المحافظ هو رئيس السلطة التنفيذية, وبالتالي فإن تعيينه يكون من جانب السلطة التنفيذية, وليس انتخابه, مشيرا إلي أن الإضافة التي وضعها الدستور تنص علي أنه من حق المجلس الشعبي المحلي المنتخب أن يقدم أسئلة وطلبات إحاطة واستجوابا للمحافظ ويقوم بسحب الثقة منه, علي أن تقوم السلطة التنفيذية بتعيين بديل له. وأوضح لالأهرام المسائي, أننا أخذنا في الدستور الجديد حلا وسطا وتركنا الباب مفتوحا للبحث في إمكان انتخاب المحافظين, مشيرا إلي أن المحافظين يتم تعيينهم وليس انتخابهم نظرا لأنهم يخضعون طبقا للدستور للمساءلة وسحب الثقة من المجلس الشعبي المحلي للمحافظة, منوها إلي أن قانون المحليات الجديد ينص علي أن المجالس المحلية تصدر قرارات تلزم السلطة التنفيذية بتطبيقها, وليس كما كان الوضع في عام.1962 من جانبه قال المهندس أحمد السجيني, نائب رئيس الهيئة البرلمانية لحزب الوفد, رئيس لجنة الإدارة المحلية بمجلس النواب, إن مسألة اختيار المحافظين بالانتخاب, لها صعوبات وسلبيات, حيث إن الانتخابات دائما ما يكون لها فواتير يجب أن تسدد, موضحا أنه عندما يتعلق الانتخاب بمنصب تنفيذي ومحلي, فقد يفتح ذلك الأمر الباب أمام المحسوبية والوساطة والفساد. وأوضح في تصريحات صحفية له عقب اجتماع الهيئة العليا لحزب الوفد أمس, أن النظام الأمثل لاختيار المحافظين هو التعيين علي أساس الكفاءة والخبرة, مؤكدا أن انتخاب المحافظين وفقا للخصائص البيئية والعصبية والقبلية لمصر, لا يمكن أن يتحقق وسوف يسبب مشاكل كثيرة. وأشار إلي أن الانتخاب يعني أن يكون المحافظ المرشح من أبناء المحافظة وبالتالي فإن هذا الأمر قد يسبب مشاكل بين العائلات بعضها البعض, حيث إن المحافظ الفائز سوف يواجه باعتراضات قبلية من عائلات المرشحين الآخرين. بدوره رأي المهندس معتز محمود عضو مجلس النواب عن ائتلاف دعم مصر, أن اختيار المحافظين بنظام الانتخاب أمر سابق لأوانه في الوقت الحالي, مشيرا إلي أن الانتخابات ستساعد علي عمل تحزبات داخل المحافظات خاصة الصعيد لوجود القبائل والعصبيات بها. وقال شهاب وجيه المتحدث الرسمي باسم حزب المصريين الأحرار: إنه يوجد نص في الدستور ينص علي أنه خلال5 أعوام من تطبيق الدستور يتم الانتقال من نظام الإدارة المحلية لنظام الحكم المحلي.