أعربت الحكومة السودانية عن تحفظها على ترشيح الدكتور مصطفى الفقي لمنصب الأمين العام لجامعة الدول العربية، وأكدت قيامها بإبلاغ القيادة المصرية بقلقها من ترشيح الفقي، واشترطت مصادر رسمية سودانية رفيعة، فضلت عدم ذكر اسمها، وفق جريدة "الأهرام اليوم" السودانية لقبول السودان بالمرشح للمنصب، أن يخلو سجله من أي مواقف عدائية ضد أي من الدول العربية الأعضاء في الجامعة، وأن تكون لديه القدرة على الحصول على الإجماع العربي ومخاطبة مشكلات الدول وتحديات المستقبل والعمل الجماعي وحفظ التضامن العربي، ونبهت مصادر حكومية إلى أن السودان ليست لديه تحفظات على تقديم مصر لمرشح، وإنما على المرشح المعلن. أعلنت المصادر وفقا لموقع "إفريقيا اليوم" وقوف السودان مع مصر في المرحلة التي وصفتها بالمفصلية والتاريخية، وضرورة دعم توجهات الثورة المصرية وتحقيق أهدافها وكل ما يعزز دور مصر وتوجهاتها والقضايا داخل الجامعة العربية، وقالت المصادر إن السودان ما زال في المراحل الأولى لاكتمال اختيار مرشح، وإنه عندما تكتمل بقية سجلات المرشحين تتم المفاضلة بين الدول بمن يخدم قضايا الأمة والعمل الجماعي.