دعا زعيم تنظيم القاعدة أيمن الظواهري، في رسالة صوتية نشرت على الإنترنت، إلى وقف القتال بين "أخوة الجهاد والإسلام" في سوريا. ووجه الظواهري في رسالته التي تتزامن مع انطلاق مؤتمر جنيف 2، نداءً إلى "كل المجموعات الجهادية.. وكل حر في الشام يسعى لإسقاط حكم الأسد"، وقال "ندعوهم جميعا لأن يسعوا إلى إيقاف القتال بين أخوة الجهاد والإسلام فورًا".