توقع المركز الإقليمى للدراسات الاستراتيجية بالقاهرة، تزايد معدلات العنف فى الفترة الأخيرة واعتبره من آثار إعلان جماعة الإخوان المسلمين تنظيمًا إرهابيًا. وقالت وحدة التحولات الداخلية بالمركز فى دراسة أصدرتها، إن هناك الكثير ممن يرون وجود علاقة بين جماعة الإخوان والتنظيمات الجهادية الموجودة الآن على الأراضي المصرية، والتي يعتبرها البعض الجناح العسكري لجماعة الإخوان المسلمين، وتحديدًا تنظيم "أنصار بيت المقدس" الذي يستهدف مواقع الجيش والشرطة في عمليات ثأرية، وتنظيم "كتائب الفرقان" الذي يستهدف عصب الدولة، مثل محاولته قبل شهر قطع الاتصالات الدولية بين مصر والعالم، وقيامه بعدة محاولات فاشلة لاستهداف قناة السويس، وأن هذه التنظيمات تعمل بأمر جماعة الإخوان. وأوضح المركز أن من اثار إعلان الجماعة تنظيمًا إرهابيًا انهيار التحالف الذي بناه تنظيم الإخوان مع بعض التيارات الإسلامية في مصر، والمعروف باسم "التحالف الوطني لدعم الشرعية"، حيث ستحاول هذه التيارات ألا تشارك جماعة الإخوان المسلمين في دفع فاتورة المواجهة مع الدولة المصرية. ومن المتوقع أيضًا بحسب الدراسة أن يدفع هذا القرار أعدادًا كبيرة من أفراد جماعة الإخوان والتيارات المساندة لها وعلى رأسها الجماعة الإسلامية وتنظيم الجهاد إلى السفر إلى خارج البلاد تجنبًا لدخولهم السجون في الفترة المقبلة، خاصة أن الدولة المصرية لا تظهر أي بوادر للتراجع عن مواجهة الإخوان والتيارات الجهادية بكل قوة وحسم. وأخيرًا، فإن هذا القرار يمثل ضربة مؤلمة للجماعة على المستوى الخارجي، حيث سيمنح الحكومة المصرية تحركًا أوسع على المستوى الخارجي في مواجهة عناصر الإخوان الموجودين في الخارج، والذين يحركون الأحداث عن بعد، خاصة في الدول التي يوجد بها تعاون أمني مع الحكومة المصرية. ومن ناحية أخرى، فإن تطور الأحداث في مصر بهذا الشكل سيعرض بعض فروع الإخوان في بعض الدول لتلقي ضربات أمنية في الفترة المقبلة، لأن التجربة المصرية ستشجع هذه الدول على أن تتعامل مع الإخوان على أرضها بالريبة والحذر، وسوف تتبع معهم سياسات الضربات الاستباقية والإجهاضية، حتى لا تتكرر لديهم التجربة المصرية مع الإخوان. ورجحت دراسة المركز الإقليمى للدراسات الاستراتيجية أن الحكومة المصرية قد اتخذت هذا القرار نتيجة للضغوط الشعبية والأمنية والسياسية، حيث تعالت الأصوات في الفترة الأخيرة باعتبار جماعة الإخوان المسلمين جماعة إرهابية بعد تحميلها مسئولية تصاعد أعمال العنف في الفترة الأخيرة، سواء في الشارع، أو في الجامعات، إضافة إلى تحميلها مسئولية تصاعد العمليات المسلحة من قبل التنظيمات الجهادية التي تعتبرها القوى السياسية تعمل بأمر جماعة الإخوان المسلمين، وقد زادت هذه الضغوط بعد عملية تفجير مديرية أمن الدقهلية، حيث حمل الكثير من رجال الأمن مسئولية الحادث للحكومة المصرية التي وصفوها بأنها صاحبة الأيدي المرتعشة في مواجهة الإخوان، وأنها غير قادرة على أخذ قرارات حاسمة في مواجهة هذا التنظيم، وهذا ما جعل الحكومة تتخذ هذا القرار حتى لا تواجه غضبًا داخليًّا جارفًا.