يعتبر الفن القبطى من الفنون التى تتمتع بشخصية متميزة لجأ فيه الفنان القبطى إلى الرمز والبحث عن القيم الروحية ويظهر فيه تأثره الواضح بعناصر الحضارتين الإغريقية والمصرية القديمة. وتعتبر الأيقونة من أكثر عناصر الفن القبطى تأثيرا وأيقونة هى كلمة يونانية تعنى التشبيه وهى تصور أشخاصا أو أحداثا على خامات مختلفة مثل الخشب والجبس والنسيج والمعادن والفخار والعاج والعظم. ويضم المتحف القبطى مجموعة من أهم الأيقونات التى توثق تطور هذا الفن الذى ظهر مع بداية ظهور اللغة القبطية من المرحلة الرمزية التى كان يصور فيها السيد المسيح وهو يحمل خروفا أو صليبا ثم انتقلت الأيقونات فى القرن الرابع إلى مرحلة الواقعية حيث ظهرت صورة السيدة العذراء حاملة المسيح طفلا، كما ظهرت فى هذا العصر سمات إبراز تاريخ بعض القديسين. تتابع تطور هذا الفن ليعرف بالإنجيل فتم توثيق القصص والمعجزات المذكورة فيه بشكل مبدع ترتفع معه الحالة الروحانية للمصلين وتحثهم على تأمل المعاني. وقد اتفق المؤرخون على ارتباط الفن القبطى عموما بالفن الفرعونى ويتضح ذلك بجلاء فى الأيقونات التى ظهرت فكرتها فى الأساس من مصر القديمة ثم انتشرت بعد ذلك فى جميع أنحاء العالم. كما أن التراث القبطى سواء الثقافى أو المعمارى أو الشعبي، هو بشكل عام لا يعتبر مجرد تراث دينى بل يتمتع بخصوصية وتفرد يجعلانه مثل مرآه عاكسة للهوية المصرية التى انصهرت فيها الديانات والثقافات. فالفن القبطى يتميز بالفعل بطابعه الشعبى لأنه يعبر عن التعددية التى سوف تظل دائما وأبدا الصفة المميزة لمصر التى تجيد ادخال الجديد فى القديم بتقاليده وأعرافه.