أثار حكم المحكمة الألمانية في كولونيا بتجريم ختان الذكور جدلا كبيرا, وتسبب في إثارة حالة شديدة من الغضب داخل وخارج ألمانيا بما يهدد بتوتر حقيقي في العلاقات بين الجاليات المسلمة واليهودية من ناحية وباقي مكونات المجتمع الألماني من ناحية أخري. فقد انضمت هيئات ألمانية معنية بحماية الطفولة وحقوق الطفل لمؤيدي حكم محكمة كولونيا الذي قضي بتجريم ختان الذكور الطهارة باعتباره اعتداء جسديا علي الأطفال يعاقب عليه القانون. كما كشف استطلاع للرأي أجراه معهد إمنيد لقياس الرأي العام عن تأييد56% للحكم, بينما رفضه35% منهم فقط. في الوقت نفسه, صعدت الإتحادات الدينية للمسلمين واليهود في ألمانيا من لهجتها وهدد المجلس المركزي للمسلمين باللجوء للمحكمة الدستورية الاتحادية للسماح للمسلمين بممارسة واجبات عقيدتهم, فيما اتهم ديتر جراومان رئيس المجلس المركزي لليهود المحكمة الألمانية بالتدخل بشكل سافر في الحريات الدينية لليهود في ألمانيا, وقال إن ختان الذكور جزء لا يتجزأ من العقيدة اليهودية, وأن ألمانيا إذا أقرت مبدأ تجريم ختان الذكور ستكون الدولة الوحيدة في العالم التي تفعل ذلك. وطالب المجلس اليهودي بتدخل البرلمان الألماني لإلغاء الحكم أو تصحيحه, كما انتقدت الكنيستان المسيحيتان الرئيسيتان في المانيا حكم محكمة كولونيا, ووصف المؤتمر المسكوني الكاثوليكي تجريم الختان بأنه يبعث علي بالغ القلق, وقال الأسقف الكاثوليكي هاينريتش موسينجوف أن حظر الختان تعد خطيرا علي الحرية الدينية. وانضم وزير خارجية ألمانيا إلي صفوف المنتقدين لحكم المحكمة, مؤكدا أهمية السماح بمثل هذه التقاليد في مجتمع يسوده التسامح. وفي تركيا, قالت صحيفة حريت التركية ان وزير الشئون الأوروبية التركي اجمين باجيس انتقد الحكم الألماني, قائلا إن الختان مسألة تتصل بحرية الدين والرأي, وقال إنه إذا كان القضاة الألمان يجدون صعوبة في فهم هذه المسألة فإنه يمكننا أن نرسل خبراءنا في هذا المجال وأن نعطيهم دروسا في كيفية الختان. ومن جانبه, قال المقرر الخاص للحريات الدينية بالأمم المتحدة هاينر بيليفيلت للإذاعة الألمانية ان تبرير حكم المحكمة هراء.
