نتيجة الإهمال؛وجهت المنظمة العربية للتراث الإنذار الثانى لوزارة الآثار المصرية، لوضع منطقة أبو مينا الأثرية على قائمة المناطق المعرضة للخطر، حتى لا تخرج من قائمة التراث العالمي ،باعتبار أن هذه المنطقة إرث حضارى مهم على المستويين الأثرى والدينى، تعكس مرحلة تاريخية مهمة فى التاريخ القبطي لمدينة الإسكندرية، وكان لبقايا المكان المقدس رونق فريد وضخامة ،حتى اطلق على المنطقة اسم شرفى هو " متروبوليس ميناتس" أو فخر الصحراء الليبية ، وهى على المستوى الدينى ذاعت شهرتها على مر العصور، خاصة قبر القديس مينا الذي يزوره اناس من معظم انحاء العالم طوال العام . يقول الدكتور أحمد سامح رمسيس مدير مشروع منطقة أبو مينا الأثرية إن المنطقة تواجه أيضا الكثير من التعديات سواء من قبل الدير الحديث، القريب من المنطقة، والذى شيد مذبحا خشبيا بداخل منطقة البازيلكا الكبرى، مضيفة خشبية وحمامات متنقلة بما يشوه المنطقة ، بالاضافة الى تعديات بدو المنطقة حيث قاموا ببناء بيوت داخل المنطقة الاثرية لعدم وجود سور يحيط بالمنطقة لحمايتها، فالمنطقة على قائمة التراث العالمى منذعام 1974 لما تعكسه من إرث حضارى عظيم فى تاريخ كنيسة الاسكندرية بصفة خاصة ولتلك المدينة بصفة عامة . ويضيف أنه على الرغم من أهمية تلك المنطقة الأثرية والحضارية إلا أنها أهملت على مر السنين ودمر الكثير من الآثار بها فوضعت على قائمة الخطر وذلك لعدم وجود مشروع تطوير وإحياء على أسس علمية صحيحة للمنطقة وهناك الكثير من المشاكل التى تواجه المنطقة منها ارتفاع منسوب المياه الجوفية بالمنطقة، خاصة بقبر الشهيد حيث ان عمق القبر نحو 7 أمتار ووصل منسوب المياه الجوفية الى 6 أمتار ، وهو ما ينذر بانهيار القبر، وذلك بسبب مشاريع الري التى تحيط بالمنطقة الأثرية ،ورغم أن وزارة الاثار نفذت مشروعا ضخما لتخفيض منسوب المياه الجوفية بالمنطقة بدأ فى عام 2009 لسحب المياه ببطئ من المنطقة ،الا ان انقطاع التيار الكهربائى أدى إلى ازدياد المياه الجوفية ، ولذلك وضعت إدارة تطوير المناطق الاثرية بغرب الدلتا تصورا لمشروع تطوير يتلخص فى ثلاث مراحل. وأوضح قائلا أن المرحلة الأولى تعتبر اساسا للمرحلتين التاليتين، وأهمهما حل مشكلة المياه الجوفية بتخفيض منسوبها بصورة بطيئة وضمان عدم عودتها مرة ثانية للمنطقة الاثرية وذلك بنظام طرد للمياه محكم ويعتمد على الطاقة الشمسية لادارة الطلمبات وليس الكهرباء لضمان تشغيل نظام الطرد لمدة 24 ساعة دون تكلفة الحكومة أعباء الطاقة .ثم تأتى المرحلة الثانية وهى تطوير منطقة البازيلكا الكبرى وتغطيتها بفيبر شفاف او زجاج علي شكلها القديم وتضع علي سقفها الجمالونى بطاريات الطاقة الشمسية لاضاءة المنطقة بالكامل، واستغلال المساحة الداخلية للبازيلكا لعرض (3D) من خلال شاشات عرض كبيرة للزائرين عن تاريخ المنطقة مما يزيد الزائرين بالوعى الاثرى للمكان وبعد ازالة التعديات ،وبالنسبة للقبر فهناك تصور لتطويره وإعادة رونقه على شكله القديم ، وإعادة رفات القديس مينا به لارجاع الحج لهذا المكان المقدس ووضعه على قائمة الخريطة السياحية العالمية كما كان في الماضي.مع خطة لإحياء الطريق المعروف بطريق المواكب وإعادة ترسيمه ليكون طريق الزيارة ، واستغلال استراحة البعثة الالمانية للعالم كوفمان بإقامة متحف لعرض مقتنيات اثرية وتطور اللباس الرهبانى وغيرها باسلوب عرض متحفي علمي ، وتشييد الكثير من الاستراحات والبازرات للزائرين في الطريق. وفي نهاية المرحلة الثانية يتم عمل سور شجيري يحيط بالمنطقة الاثرية لحمايتها بدلا من السور الخرسانى وذلك لتقليل التكلفة وأيضا يعطى منظر جمالى أفضل وحماية اقوى.والمرحلة الثالثة تهتم بتطوير باقي المنطقة الاثرية وخاصة المنطقة الشمالية من منازل وحمامات والكنيسة الشرقية وغيرها، مع إقامة فندق سياحى للمكان لاستقبال الزائرين خاصة في عيد القديس والاحتفالية به وقاعة مؤتمرات لعقد موتمرات ثقافية واثرية بالمنطقة، والكشف عن باقي التلال الاثرية الموجودة بالتعاون مع البعثة الالمانية. فالمنطقة بحاجة شديدة لتكاتف جهود جميع الاطراف الحكومية والمؤسسات المعنية بالامر ورجال الاعمال والكنيسة لانقاذها وتطويرها بشكل يليق مع ارثها الحضاري العظيم من جانبها اشارت الباحثة الأثرية الدكتورة سلفانا جورج عطا الله بجامعة الإسكندرية إن منطقة أبومينا الأثرية تقع على بعد 50 كم تقريبا غرب الإسكندرية في منتصف المسافة بينها وبين وادى النطرون على طريق القوافل القديم الذى كان يصل الإسكندرية بواحه سيوة وبرقة غربا، وتمتد تلك المدينة فى حدود صحراء مريوط حيث تشغل مساحة نحو ألف كيلو متر ، وتحوى بقايا كنائس وحمامات ومنازل ، وتتوسطها الكنيسة الرئيسية التى اطلق عليها عدة اسماء: " الاكربول المسيحى القديم" و " مسرة لجميع شعوب مصر" و " تحفة روائع الفن المسيحى" لفخامتها وعظمتها المعمارية والفنية فى ذلك الوقت.كما تنسب المنطقة الأثرية إلى القديس المصرى مينا العجايبى الذى كان والده واليا لشمال أفريقيا