يعانى معبد كومير بمحافظة الاقصر من إهمال شديد، يجعل على زائريه، صعوبة التمييز بينه وبين مساكن الأهالى بالمنطقة الواقع بها، والتى غرقت فى مياه الصرف الصحى، بينما غرق هو فى المياه الجوفية التى تحيط به من كل جانب، حتى أنه لم يدرج ضمن معالم المحافظة السياحية. وقال سلطان عيد مدير اثار الاقصر، إن الجزء المكتشف من المعبد هو "قدس الأقداس" فقط الذى لا يمثل سوى الجزء الخلفى منه، والذى تم اكتشافه عام 1983 ضمن أعمال البعثات الأثرية التى كان يقوم بها الدكتور محمد الصغير فى الثمانينات، ولم يتم توثيق الكشف، وهو ما حرم المعبد للأسف من عمل أى بعثات أثرية حاليا به. وأضاف أن المعبد بحاجة الى مشروع للقضاء على مشكلة المياه الجوفية التى تغرقه، أو حتى مشكلة الصرف الصحى الخاصة بالمنازل المحيطة به، هذا بخلاف التعديات على المنطقة المحيطة بحرم المعبد، وهو ما يتطلب بناء سور لحماية الجزء المكتشف منه، واستكمال أعمال الحفر بعد ازالة التعديات .