تقع الإسماعيلية في القلب من المجري الملاحي لقناة السويس وتربط بين قارتي آسيا وإفريقيا وهي بذلك تمتلك موقعا استراتيجيا مؤثرا في حركة الاتصال بالعالم الخارجي. وتضم المحافظة بين جنباتها نحو59 ألفا و587 فدانا من المسطحات المائية التي يمكن أن تصل بالاستثمار السياحي إلي آفاق رحبة وتجعلها مؤهلة تماما لانجاز مشروعات خدمية وسياحية ذات عائد استثماري كبير. إلا أن هذه المسطحات خاصة البحيرات منها تعاني بدرجة كبيرة من التلوث وذلك بسبب المصارف التي تصب فيها وبسبب حوادث التلوث البترولي للسفن العابرة للقناة وهو ما أدي إلي هروب الاستثمار السياحي بل وهروب المصطافين من شواطئ الإسماعيلية. وأخيرا بدأت الإسماعيلية بقيادة المحافظ اللواء عبدالجليل الفخراني في التصدي للمشكلة وقبل ذلك قامت هيئة قناة السويس بإجراء عملية تكريك وتطهير لبحيرة التمساح بتكلفة وصلت إلي50 مليون جنيه مما أدي إلي تحسن خواص مياه البحيرة إلا أنه لم يقض علي التلوث تماما بسبب استمرار تلقيها الملوثات يوميا. ومن أهم البحيرات التي تتعرض للتلوث بحيرة التمساح والبحيرات المرة الصغيرة والكبري وبحيرة الصيادين وبحيرة أبوجاموس. وتعتبر بحيرة التمساح بيئة طبيعية متميزة ذات إمكانات واعدة فهي عنصر انتاجي مهم يمكن أن يمد محافظة الإسماعيلية بكميات مناسبة من الأسماك سنويا كما أن التكامل بين مناظر البحيرة الهادئة والطقس الدافئ الجاف الذي يسود المنطقة علي مدار العام جعل منها مركزا رئيسيا للتنزه والرحلات حيث تشكل البحيرة حوضا طبيعيا مساحته نحو1900 فدان. وبالرغم من ذلك فإن البحيرة تعاني من وصول نحو مليون متر مكعب يوميا من مياه الصرف الزراعي والصحي من خلال مصرف المحسمة الذي يعد المصدر الرئيسي لتلوث البحيرة حيث يحمل العديد من الملوثات مثل الصرف الزراعي الذي يحتوي علي النترات والمبيدات الزراعية وبعض المركبات من السامة وبعض العناصر الثقيلة نتيجة الاستخدام المفرط لهذه المواد قبل المزارعين ومياه الصرف الزراعي لمصرف الوادي القادم من محافظة الشرقية فضلا عن الصرف الصحي غير المعالج للمناطق المحرومة من شبكات الصرف الصحي, ويؤدي كل ذلك إلي التأثير علي ملوحة البحيرة ويزيد من تراكم المواد العضوية. كما أن هذه الملوثات تنتقل بدورها من خلال الهرم الغذائي حتي تصل إلي قمته وهو الإنسان مما يؤثر بالسلب علي صحته وإنتاجه وكذلك عملية ردم شوطئ الاودية والمصايف التي تتم بطريقة عشوائية تؤثر علي مواصفات هذه الشواطئ من الناحية البيولوجية. ولا يقتصر التلوث علي بحيرة التمساح فقط وإنما يضرب بدوره البحيرات المرة التي تضم مسطحات مائية شاسعة تمتد لمسافة50 كيلو مترا من الدفرسوار شمالا وحتي كبريت جنوبا وتبلغ مساحة البحيرات الصغري نحو9 آلاف و525 فدانا كما تبلغ مساحة البحيرات الكبري46 ألفا و190 فدان وتعتبر البحيرات المرة الكبري والصغري من الركائز الأساسية للتنمية السياحية بمحافظة الإسماعيلية بالإضافة إلي قطاع الصيد والثروة السمكية والاستزراع السمكي. ويعتبر مصرف الملاريا المصدر الرئيسي للتلوث في البحيرات المرة أما بحيرة أبوجاموس فتقع علي مساحة200 فدان وقد أدت المشكلات السابقة إلي تعطيل المشروعات السياحية والتلوث البيئي والتأثير علي صحة المواطنين فضلا عن تراجع اقتصاديات الثروة السمكية. وحول الجهود التي قامت بها الإسماعيلية للحد من التلوث يؤكد المحافظ اللواء عبدالجليل الفخراني أنه تم اتخاذ العديد من الإجراءات للحد من التلوث في البحيرات المرة مثل استكمال أعمال إنشاء محطات رفع الصرف الصحي أرقام1 و2 و3 و4 بمركز فايد وإلزام جميع الجهات التي لها منشآت واقعة علي البحيرات المرة بإقامة محطات لمعالجة مخلفات الصرف الصحي قبل الدخول علي الشبكة العمومية للصرف وسرعة رفع مواسير الصحي المخالفة والمتصلة بالمصارف الفرعية فضلا عن الانتهاء من تغطية جميع مراحل مصرف الملاريا.