لقد جاءت تعديلات بعض احكام واجراءات قانون القضاء العسكرى التى تضمنها قرار الرئيس عدلى منصور بقانون تنفيذا لنصوص الدستور الجديد وكثمرة لمطالبات الحقوقيين والقوى السياسية فى عهود سابقة فجاء القرار بجعل محاكمة المتهمين أمام القضاء العسكرى على درجتين سواء فى الجنح أو الجنايات بدلا من التصديق على هذه الاحكام بعد درجة واحدة ..وبذلك يكون مماثلا للقضاء العادى فى احكامه ضمانا لحقوق المتهمين وتأكيدا لاستقلاله .. ولكن ما مدلول ذلك وهل هذا التعديل يقلص من سلطات القضاء العسكرى مستقبلا ؟ يجيب عن هذا التساؤل المستشار الدكتور عبد الفتاح مراد الرئيس بمحكمة الاستئناف فى الاسكندرية قائلا: لقد تضمنت المادة 204) من الدستور الجديد أن : القضاء العسكرى جهة قضائية مستقلة، يختص دون غيره بالفصل فى كافة الجرائم المتعلقة بالقوات المسلحة وضباطها وأفرادها ومن فى حكمهم، والجرائم المرتكبة من أفراد المخابرات العامة أثناء وبسبب الخدمة ، ولا يجوز محاكمة مدنى أمام القضاء العسكرى، إلا فى الجرائم التى تمثل اعتداء مباشراً على المنشآت العسكرية أو معسكرات القوات المسلحة أو ما فى حكمها، أو المناطق العسكرية أو الحدودية المقررة كذلك، أو معداتها أومركباتها أو أسلحتها أو ذخائرها أو وثائقها أو أسرارها العسكرية أو أموالها العامة أو المصانع الحربية، أو الجرائم المتعلقة بالتجنيد، أو الجرائم التى تمثل اعتداء مباشراً على ضباطها أو أفرادها بسبب تأدية أعمال وظائفهم ، ويحدد القانون تلك الجرائم، ، وأعضاء القضاء العسكرى مستقلون غير قابلين للعزل، وتكون لهم كافة الضمانات والحقوق والواجبات المقررة لأعضاء السلطة القضائية ، والمادة 204 من الدستور الجديد أكثر تحديداً وتقليصاً وإنصافاً من المادة 198 من دستور 2012 والتى كانت تتضمن أن: القضاء العسكرى جهة قضائية مستقلة، يختص دون غيره بالفصل فى كافة الجرائم المتعلقة بالقوات المسلحة وضباطها وأفرادها، ولا يجوز محاكمة مدنى أمام القضاء العسكرى إلا فى الجرائم التى تضر بالقوات المسلحة. وقد كان المشرع المصرى سباقاً فى سرعة تنفيذ وتقليص وتحديد اختصاصات القضاء العسكرى حيث صدر القرار بالقانون بتعديل بعض أحكام قانون القضاء العسكرى وجعل المحاكم العسكرية انواعا كما يوضح ذلك المستشار الدكتور عبد الفتاح مراد وهى المحكمة العسكرية العليا للطعون و المحكمة العسكرية للجنايات .و المحكمة العسكرية للجنح المستأنفة .و المحكمة العسكرية للجنح .وتختص كل منها دون غيرها بنظر الدعاوى والمنازعات التى ترفع إليها طبقاً لقانون القضاء العسكري رأى المفتى فى الاعدام وعن تشكيل المحمكة العسكرية للجنايات يقول المستشار مراد تتشكل تلك المحكمة من عدة دوائر، وتؤلف كل دائرة من ثلاثة قضاة عسكريين برئاسة أقدمهم على ألا تقل رتبته عن عقيد، وبحضور ممثل للنيابة العسكرية، وتختص بنظر قضايا الجنايات, أما الجنح المستانفة فتتشكل من عدة دوائر .، وتؤلف كل دائرة من ثلاثة قضاة عسكريين برئاسة أقدمهم على ألا تقل رتبته عن مقدم، وبحضور ممثل للنيابة العسكرية .وتختص بنظر الطعون المقدمة من النيابة العسكرية أو من المحكوم عليهم فى الأحكام الصادرة من المحكمة العسكرية للجنح اما المحكمة العسكرية للجنح فيرأسها قاض واحد لاتقل رتبته عن رائد. وعن الضمانات الجديدة التى تضمنتها الاحكام الصادرة بالاعدام فإنه وفقا لهذه التعديلات لا يجوز للمحكمة العسكرية للجنايات أن تصدر حكماً بالإعدام إلا بإجماع آراء أعضائها ، ويجب عليها قبل أن تصدر هذا الحكم أن تأخذ رأى مفتى الجمهورية، ويجب إرسال أوراق القضية إليه، فإذا لم يصل رأيه إلى المحكمة خلال الأيام العشرة التالية لإرسال الأوراق إليه، جاز للمحكمة الحكم فى الدعوى.