أظهرت التحقيقات التي أجرتها نيابة أمن الدولة العليا، مع المتهمين في قضية ولاية سيناء 2، تفاصيل جديدة في مبايعة زعيم التنظيم أبو بكر البغدادي، حيث خطط المتهمون للانضمام إلى تنظيم داعش في سوريا والعراق، بعد مراسلة معهد تعليمي بعد سفرهم إلى تركيا. كشفت التحقيقات أن أحد المتهمين يدعى عمر سرحان، واسمه الحركي "أبو مالك"، عاونهم في سبيل مخططهم الإرهابي داخل أراضي سيناء، فضلا عن اضطلاعه بمهام إعاشتهم لحين إتمام ما وصفته التحقيقات ب «مبايعة البغدادي»، وخلال تلك الفترة تلقوا تعليمات تضمنت طريقة التعامل مع الطلعات الجوية وسبل التخفي من الرصد الجوي، من خلال استغلال ودراسة التضاريس الجغرافية. وتحدثت التحقيقات عن إخضاع المتقدمين للإنضمام للتنظيم الإرهابي، لكشف اختبار طبي، لبيان مدى ملائمة قواهم البدنية وقدرتهم الجسدية على الإلتحاق بمعسكرات التدريب المتخصصة في هذا الشأن، من خلال التعامل مع التفجيرات وحرب الشوارع وتفكيك الأسلحة الصغيرة. نقل سما المصري إلى زنزانة حنين حسام ومودة الأدهم بسجن النساء في القناطر (خاص) قطع المياه عن 16 منطقة في القاهرة القبض على سائق تحرش بفتاة في بولاق الدكرور تضمنت اعترافات المتهمين خلال التحقيقات وجود قسم يسمى ب«قسم العبوات»، تقوم مهامه على زرع العبوات الناسفة في الطرق المؤدية لسير الآليات والمدرعات العسكرية، لإحداث عمليات تفجير واسعة المجال في صفوف القوات المسلحة وأجهزة الأمن، التي تقوم بدورها في حفظ الأمن داخل أراضي سيناء، بخلاف المهام التي يتولاها المسئول العسكري بولاية سيناء، من خلال تسليح عناصر وكوادر منضمة للتنظيم تمهيدا لشن حملات منظمة على أفراد وعساكر القوات المسلحة. شارك المتهمون بحسب التحقيقات، في استهداف «كمين الغاز»، أواخر 2016، بجانب استهداف «كمين المطافيء»، مطلع 2017 عبر تفخيخ سيارات مسروقة من هيئة النظافة والتجميل بمحافظة شمال سيناء. في 21 من نوفمبر من 2016، أحال المستشار نبيل أحمد صادق النائب العام السابق، قائمة من المتهمين تضم 292 كونوا فيما بينهم 22 خلية إرهابية تابعة لتنظيم «ولاية سيناء»، إلى النيابة العسكرية لاستكمال التحقيقات معهم، وإعداد أمر بإحالتهم إلى القضاء العسكري مجددا، وجاء بأمر الإحالة أن المتهمين ارتكبوا جرائم رصد واستهداف الكتيبة 101 بشمال سيناء بقذائف الهاون عدة مرات. ونسبت جهات التحقيق إلى المتهمين في القضية ارتكاب جرائم اغتيال 3 قضاة بالعريش في سيارة ميكروباص، واستهداف مقر إقامة القضاة المشرفين على الانتخابات البرلمانية بمحافظة شمال سيناء بأحد الفنادق، والتي أسفر عنها مقتل قاضيين و4 أفراد شرطة ومواطن.
