لم يسلم الباب الخامس فى مسودة الدستور النهائية، والخاص بالأحكام الختامية والانتقالية، من موجة الاعتراضات العارمة التى طالت غالبية المواد من قبل بعض القوى الوطنية ورجال القانون الدستورى، إذ يتناول هذا الباب فى الفصل الأول منه أحقية رئيس الجشمهورية ومجلس النواب فى طلب تعديل مادة أو أكثر من مواد الدستور الجديد مع إرفاق أسباب التعديل، على أن يتم طرح هذا الطلب على مجلسى الشعب والشورى والنظر فيه خلال ثلاثين يوما من تقديمه ويتم إصدار قرار الموافقة عليه بأغلبية ثلثى الأعضاء، وفى حالة رفض الطلب لا تتم إعادة تقديم الطلب قبل حلول دور الانعقاد التالى، وتتم مناقشة المواد المتوافق على تعديلها بعد مرور 60 يوما من تاريخ الموافقة على الطلب وإذا وافق على التعديل ثلثا أعضاء كل مجلس عرض على استفتاء شعبى خلال 30 يوما من تاريخ صدور الموافقة، إلى جانب الفصل الثانى الخاص بالأحكام العامة والذى طاله الجزء الأكبر من حالة الاعتراض والرفض، خاصة المادة المفسرة لمبادئ الشريعة الإسلامية وهى التى تشمل أدلتها الكلية وقواعدها الأصولية والفقهية ومصادرها المعتبرة فى مذاهب أهل السنة والجماعة، التى رأى الرافضون لها وعلى رأسهم المنسحبون من اللجنة أنها تمثل تعديلا على المادة 2 بالمخالفة للتوافق العام وللعرف الدستورى الذى يقضى بعدم إدراج مواد مفسرة للدستور فيه، بينما تمثل الشريعة الإسلامية الثابت والمتفق عليه من حيث المصدر والمدلول فإن أحكام الشريعة هى المتغير بحسب الظروف والزمان والمكان والمختلف عليه بين الفقهاء بحكم طبيعة الأمور. جاءت المادة 225 المتعلقة بالعمل بهذا الدستور من تاريخ إعلان موافقة الشعب عليه فى الاستفتاء، وذلك بأغلبية عدد الأصوات الصحيحة للمشاركين فى الاستفتاء، لتثير جدلا آخر حول مدى الاتفاق والاختلاف حولها، حيث رأى الرافضون لها أن الدستور يجب أن يكون وثيقة توافقية وليس أداة مغالبة، على أن يعمل بهذا الدستور بعد إجراء استفتاء وموافقة الشعب عليه بأغلبية الثلثين، وفيما يخص الفصل الثالث والأخير فى الباب الخامس المتعلق بالأحكام الانتقالية، جاءت المادة 226 لتنص على انتهاء مدة الرئيس الحالى بانقضاء أربع سنوات من تاريخ تسلمه مهام منصبه ولا يجوز إعادة انتخابه إلا لمرة أخرى، وهنا قدم الرافضون لتلك المادة مقترحا يفيد بضرورة إعادة انتخاب الرئيس مرة أخرى وفقا للأعراف الدستورية طالما تم تغيير شروط ترشيح الرئيس واختصاصاته والاستفتاء على استمرار رئيس الجمهورية حتى نهاية مدته فى ورقة منفصلة عن ورقة الاستفتاء على الدستور.