تغيب رجال القوات المسلحة عن المشهد فى أول أيام امتحانات الثانوية العامة، على الرغم من تصريحات المسئولين التى تضمنت التنسيق مع القوات المسلحة لتأمين اللجان من الخارج، إلا أن الداخلية تولت مهمة التأمين بمفردها دون الاستعانة إلى أفراد القوات المسلحة. وأكد الدكتور عبد القوى خليفة محافظ القاهرة، أن كافة اللجان مؤمنة بالكامل بالتواجد الأمنى المكثف من قبل عناصر الشرطة، وتم إنشاء غرفة عمليات بمديرية التربية والتعليم لمتابعة أى شكوى أو مشكلة تواجه أحد الطلاب فى أى لجنة ومتابعتها والعمل على حلها على الفور. وأضاف المحافظ أن كل اللجان تحظى بوجود رعاية طبية بها ووجود طبيب أو زائرة طبية على الأقل، كما أن هناك تنسيقا بين مديرية التربية والتعليم والشئون الصحية والإسعاف بنشر سيارات الإسعاف على مقربة من اللجان لمواجهة أى طوارئ.