تعتبر المكتبة الباباوية فى الكنيسة الأرثوذكسية، أحد أهم المنشآت الحديثة فى منظومة التعليم فى الكنيسة فى مصر، حيث تبلورت فكرة إنشاء هذه المكتبة لدى قداسة البابا تواضروس الثانى مع ازدياد عدد المعاهد ومراكز الأبحاث اللاهوتية، والتى تستلزم وجود مكتبة كبيرة ومركزية تحظى بالرعاية الكنسية. من هنا، كانت فكرة إنشاء هذه المكتبة فى المقر البابوى بدير القديس الأنبا بيشوى بوادى النطرون فى مصر.
وتسعى المكتبة أن تجمع فى مكان واحد أكبر كمية من الكتب والمراجع والرسائل العلمية والمخطوطات التى تفيد الباحثين فى القبطيات والعلوماللاهوتيةوالعلوم الكنسية بصفة عامة.
وفى 19 نوفمبر 2019 وبحضور أعضاء المجمع المقدس، تم الافتتاح الرسمى لهذه المكتبة لكى تبدأ عملها وخدماتها، تأكيدًا على اهتمام الكنيسة القبطيةبنواحى التعليم والدراسة والبحث.
وتهدف المكتبة إلى جمع التراث القبطى بكل أنواعه وترميمه وتوثيقه وفهرسته وتصنيفه ليَسهُل عرضه وإتاحته للدارسين والباحثين فى مكان واحد، وحِفظ الإنتاج المعرفى عن القبطيات الصادر من هيئات أكاديمية معنية بالبحث والتوثيق.
وتعمل المكتبة على تنشيط ودعم حلقة تبادل المعرفة ومجتمع الباحثين محليًا وعالميًا، وبالتالى الوصول إلى نموذج لمؤسسة مصرية ثقافية ناجحة ورائدة قادرة على التفاعل مع المجتمع الحديث للمعلومات.