هاجم سيد القمنى الإسلاميين، رافضا وصولهم للحكم، ومؤكدا أن "أى نظام حكم آخر فى مصر أرحم من الإسلاميين"، على حد قوله، للإعلامى حسن معوض فى برنامج "فى الصميم" الذى يبثه تليفزيون هيئة الإذاعة البريطانية BBC العربى، والذى نشر فى تقرير مفصل على موقع ال BBC. وأشار القمنى فى حواره مع BBC أنه ليس فى حاجة لأن يعيش تحت حكم الإسلاميين، متسائلا: "كيف أعيش تحت حكم من ينتصر للسماء ضدى؟"، وأضاف "إذا كان الرسول أو أحد الخلفاء هو من سيحكمنى فان ذلك أمر جيد، ولكن ما سيحدث أن شخصا آخر هو الذى سيحكم". وطالب القمنى بأن تعود جميع الأديان إلى معابدها. ودعا القمنى إلى وجود مذهب إسلامى خامس يتلاءم مع ظروف العصر، ويضعه علماء من مختلف المشارب فى الدين والعلوم والاقتصاد والاجتماع وغيرها من المجالات، وأكد القمنى أنه تعرض لحملة من جانب الوهابيين وجهات إيرانية بعد حصوله على جائزة الدولة التقديرية. مشيرا إلى أن الجائزة التى حصل عليها مثلت ضربة للتيار الإسلامى السياسى.