مع بدء العدد التنازلى للتصويت على الاستفتاء بدأت المخاوف تتفجر لدى الكثير من حصول بعض الجمعيات والمنظمات المدنية التابعة لجماعة الإخوان المسلمين على تصاريح من اللجنة العليا للانتخابات للمشاركة فى المراقبة، الأمر الذى أدى إلى قيام الدكتور أحمد البرعى وزير التضامن الاجتماعى بمخاطبة العليا لانتخابات بشأن استعداد الوزارة بإمداد اللجنة بأى معلومات عن المنظمات والجمعيات المشهرة لديها. ودفعت المخاوف من أحداث فوضى خلال أيام الاستفتاء وزارة التضامن الاجتماعى بحصر الجمعيات التابعة للتيارات السياسية وكذلك المنتمية لجماعة الإخوان المسلمين وتعمل بالمخالفة للقانون الجمعيات الحالى رقم 84 لسنة 2002 وذلك لإمداد اللجنة العليا للانتخابات بمعلومات عن أى منظمة أو جمعية، حيث تم حصر 1150 جمعية ومنظمة أهلية يعملون فى مجال التوعية السياسية وأعلنت الوزارة عن حل أى جمعية يثبت ممارستها العمل السياسى أو تكوين ميليشيات عسكرية أو التحريض على العنف وهو ما ينطبق على جمعية الإخوان المسلمين. وأكد الدكتور أحمد البرعى وزير التضامن الاجتماعى، أن اللجنة العليا للانتخابات هى المنوطة بالسماح للمنظمات المشاركة فى الرقابة على الاستفتاء من عدمه، وأن الوزارة قامت بمخاطبة اللجنة حول استعدادها لتقديم أية معلومات تفيد اللجنة، خاصة فيما يتعلق بكون المنظمات الأهلية الراغبة فى المشاركة فى الاستفتاء مشهرة لدى الوزارة أم لا. وأضاف الوزير فى تصريحات ل"اليوم السابع"، أن اللجنة العليا للانتخابات هى الجهة التى يحق لها السماح للجمعيات أو المنظمات فى المشاركة بمراقبة عمليات الاستفتاء، وأن الوزارة ستقوم بإمداد اللجنة بجميع المعلومات التى تحتاجها عن أية منظمة، طالما أنها مشهرة لدى الوزارة. وأعلن عز الدين فرغلى، رئيس الاتحاد الإقليمى للجمعيات والمؤسسات الأهلية بالقاهرة، عن أنه سيتقدم برفع دعوى أمام القضاء الإدارى، لإلغاء التصاريح التى حصلت عليها المنظمات والجمعيات الأهلية لمراقبة الاستفتاء والانتخابات، خلال حكم النظام السابق، لافتا إلى أنه سيطالب بضرورة أن تكون المنظمة الراغبة فى الحصول على التصاريح مشهرة لدى وزارة التضامن، وأن تتقدم بطلب إلى اللجنة العليا للانتخابات والمجلس القومى لحقوق الإنسان، مشددا على أنه يجب أن لا تنتمى لأى حزب سياسى، لضمان الشفافية خلال مراقبة عمليات الاستفتاء. يأتى ذلك فى الوقت الذى أقام فيه سمير صبرى المحامى دعوى مستعجلة وموضوعية بمجلس الدولة ضد رئيس اللجنة العليا للانتخابات ورئيس الوزراء ووزير التضامن الاجتماعى يطالب فيها بإلغاء كافة التصريحات التى أصدرتها اللجنة العليا للانتخابات للمنظمات والجمعيات التابعة لجماعة الإخوان لمراقبة الاستفتاء على الدستور الجديد، حيث تضمن الدعوى رقم 1132 لسنة 68 قضائية مطالبا بعدم مشاركة الجمعيات التابعة للإخوان المسلمين بمراقبة التصويت على الاستفتاء.