حالة من الحيرة والتوتر تسيطر على طلاب الثانوية العامة عند اختيار القسم المناسب للدراسة بكلية العلوم والتي تضم العديد من الأقسام التي تتناسب مع طموحات وميول كثيرة حيث تضم الكلية العشرات من الأقسام والتخصصات المختلفة. وتيسيرًا على خريجي الثانوية العامة الجدد تنشر "فيتو" أقسام كلية العلوم. وتتكون كلية العلوم من أقسام: (الرياضيات والفيزياء والكيمياء وعلم الحيوان وعلم النبات والميكروبيولوجي والفلك والأرصاد الجوية والجيولوجيا والجيوفيزياء والحشرات والفيزياء الحيوية)، وتستمر الدراسة بالكلية لمدة أربع سنوات يدرس بها الطالب جوانب عملية ونظرية. قسم الجيوفيزياء هدفه إعداد الكوادر العلمية المتخصصة في مجالى الدراسات الجيوفيزيائية وتطبيقاتها في البحث والتنقيب عن البترول والمياه الجوفية والخامات المعدنية والآثار المدفونة ودراسة التربة للأغراض الهندسية الإنشائية والبيئية. وتشمل الدراسة للحصول على درجة البكالوريوس في الجيوفيزياء بالقسم الشعب التالية: 1 تخصص منفرد في الجيو فيزياء 2 تخصص مزدوج جيولوجيا جيو فيزياء كما تم افتتاح برنامج جيو فيزياء البترول المميز بالساعات المعتمدة وهو برنامج خاص يهدف إلى تزويد المجتمع بخرجين متخصصين ذو كفاءة في الأسواق المحلية والإقليمية، وذلك لسد احتياجات الشركات والهيئات الإنتاجية والبحثية العاملة في مجال جيوفيزياء البترول. قسم الميكروبيولوجيا تم تطوير هذه الشعبة لكى تواكب التخصصات المختلفة داخل القسم، ويضم القسم الآن شعبتين الأولى هي شعبة الميكروبيولوجي/ كيمياء، ويتم فيها تدريس علوم الميكروبيولوجي وعلوم الكيمياء، والشعبة الثانية هي شعبة الميكروبيولوجي (منفرد) ويتم فيها تدريس مقررات الميكروبيولوجي بصفة أساسية ومقررات مكملة في الكيمياء والفيزياء الحيوية والطفيليات والبيولوجيا الجزيئية والكيمياء الحيوية وفسيولوجيا الحيوان. ويتم تدريس علوم الميكروبيولوجيا الأساسية بالقسم وتشمل البكتريا والفطريات والفيروسات والميكروبيولوجيا التطبيقية وتشمل الميكروبيولوجيا البيئية وميكروبيولوجيا الأغذية، كما يقوم بتدريس الميكروبيولوجيا الصناعية والميكروبيولوجيا الطبية وتشمل البكتريا الطبية والفيروسات الطبية والفطريات الطبية وعلم المناعة، بالإضافة لتدريس مقررات متخصصة في فسيولوجيا الكائنات الدقيقة والأيض الميكروبى والتحولات الميكروبية والهندسة الوراثية والتلوث البيئي وتقسيم البكتريا والتحكم في الكائنات الدقيقة، كما يقوم القسم بتدريس مقررات متميزة ومتطورة لطلاب مرحلة تمهيدى الماجستير فى الفيروسات والبكتريا والفطريات والهندسة الوراثية والتحولات الميكروبية والبيولوجيا الجزيئية. ويعتبر القسم من الأقسام المتميزة بالكلية حيث يجتذب عادةً الطلاب المتفوقين في الفرقة الثانية بيولوجي لاستكمال دراستهم التخصصية في الفرقتين الثالثة والرابعة بالقسم، وقد ساعد ذلك على تخريج دفعات متميزة من الطلاب.
قسم الجيولوجيا هو قسم علوم الأرض، من الأقسام الرئيسية بكلية العلوم منذ أن أصدر القرار بإنشاء جامعة عين شمس والقاهرة. قسم النبات يعتبر قسم النبات أحد أهم الأقسام البيولوجية التابعة لكلية العلوم، ويعنى قسم النبات بدراسة كل ما يخص عالم النبات من الخارج والداخل بشكل تفصيلى بالإضافة إلى دراسة الظروف المحيطة والمؤثرة بالنباتات وكذلك علاقات النبات بالنبات والحيوان والحشرات وكذلك الإنسان. قسم الكيمياء الحيوية يقوم القسم بالتدريس لطلبة الفرقة الثالثة والرابعة تخصصات كيمياء حيوية خاص وكيمياء حيوية عام، كما يقوم بتدريس الكيمياء الحيوية لطلاب العلوم البيولوجية للفرقة الثانية وكذلك للشعب الأخرى مثل الفرقة الرابعة حشرات خاص، الفرقة الثالثة ميكروبيولوجى، الفرقة الثالثة فيزياء حيوية. قسم علم الحيوان ويهتم القسم بعلم الأجنة التجريبي، علم الغدد الصماء، الأيض، البيولوجيا الإشعاعية،البيولوجيا الفيزيائية، علم الخلية، علم الأنسجة، علم كيمياء الأنسجة، علم الوراثة الخلوية، علم الوراثة الجزيئية، علم وراثة الجماعات، التطور، علم المناعة، علم الحيوانات الأولية، علم الطفيليات، علم البيئة العام، وقد فتح التوسع في شعبة التخصص المنفرد في علم الحيوان الباب واسعًا للتطوير والتحديث المستمرين. ويتكون قسم الحيوان من 4 شعب هي شعبة الفقاريات والأجنة والبيئة البرية، وشعبة اللافقاريات والطفيليات والبيئة المائية، وشعبة الخلية والأنسجة وكيمياء الأنسجة والوراثة، وشعبة الفسيولوجيا المقارنة والمناعة والإشعاع البيولوجي. قسم الرياضيات وتم إنشاء قسمى الرياضة البحتة والرياضة التطبيقية مع إنشاء كلية العلوم وقد تم دمج القسمين ليشكلا معا قسم الرياضيات. قسم الفيزياء أنشئ قسم الفيزياء مع افتتاح كلية العلوم ويضم القسم تخصصات مختلفة متعددة " تخصص الفيزياء النظرية، والفيزياء النووية، وفيزياء المواد، والبصريات والليزر، والفيزياء الحيوية، والإلكترونيات. قسم الكيمياء ويحتوى على ثلاثة شعب هي: شعبة الكيمياء العضوية وشعبة الكيمياء الفيزيائية وشعبة الكيمياء التحليلية وغير العضوية.
