وجهت المحكمة سؤالا للشيخ محمد حسين يعقوب بجلسة سماع أقواله بمحاكمة 12 متهما من عناصر داعش الإرهابية بالقضية المعروفة إعلاميا ب"خلية داعش إمبابة" عن هل تكفير الحاكم مسألة شرعية؟ وما حكم الدين في قتال أفراد الجيش والشرطة؟ ليجيب محمد حسين يعقوب قائلا للقاضى: "دى مسألة قضائية إحنا دعاة وليس قضاة"، وعندما سأله القاضي عن حكم قتال الجيش والشرطة قال: "لا يجوز قتل المسلم.. والمنشآت دى ملك للمسلمين جميعا.. والجيش والشرطة مسلمين"، ليعيد القاضي سؤالة مرة أخرى: "حكمه إيه يا شيخ؟"، ليجيب يعقوب: "يقتل لو يقام الشرع"، ليرد القاضي: "ألم تسمع عن عقوبة الإعدام؟" ليجيبه يعقوب: "شرعت بأحكام معينة غير أحكام القرآن". وكان الشيخ محمد حسين يعقوب ظهر فى أولى جلسات حضوره بقضية خلية داعش إمبابة بقاعة الدائرة 5 إرهاب، ووقف بجواره نجله وبدأ يتصبب عرقا فى آخر القاعة بانتظار بدء المحكمة مناقشته. وكانت الدائرة الخامسة إرهاب بمحكمة جنايات أمن الدولة طوارئ، برئاسة المستشار محمد السعيد الشربيني، شهدت إجراءات أمنية مكثفة بسادس جلسات محاكمة 12 متهمًا من عناصر داعش الإرهابية المعروفة إعلاميا ب"خلية داعش إمبابة" وذلك قبل حضور خلية داعش إمبابة. كما أمرت المحكمة بضبط وإحضار الشيخ محمد حسين يعقوب وتقديم تقرير طبي تفصيلي عن الحالة الصحية للشيخ محمد حسان وجاء ذلك بعد تقديم عذرا للمحكمة بتعذر حضور الشيخ محمد حسان بمرضة الشديد بمنزلة. قيادة جماعة إرهابية وكشفت تحقيقات النيابة العامة قيام المتهمين بتولي قيادة جماعة إرهابية الغرض منها الدعوة إلى الإخلال بالنظام العام وتعريض سلامة المجتمع ومصالحه وأمنه للخطر وتعطيل أحكام الدستور والقوانين ومنع مؤسسات الدولة والسلطات العامة من ممارسة أعمالها والاعتداء على الحرية الشخصية للمواطنين، والحريات والحقوق العامة والإضرار بالوحدة الوطنية والسلام الاجتماعي والأمن القومي. تأسيس داعش وأضافت التحقيقات تولي المتهم الأول تأسيس وإدارة خلية بالجماعة المسماة "داعش" التي تدعو لتكفير الحاكم وشرعية الخروج عليه وتغيير نظام الحكم بالقوة والاعتداء على القضاة وأفراد القوات المسلحة والشرطة ومنشآتهم، واستباحة دماء المسيحيين واستحلال أموالهم وممتلكاتهم ودور عبادتهم، واستهداف المنشآت العامة؛ وكان الإرهاب من الوسائل التي تستخدمها هذه الجماعة لتحقيق وتنفيذ أغراضها الإجرامية. يذكر ان عدد من المناطق والمدن بمحافظات الجمهورية شهدت اعمال عنف علي يد عناصر وكوادر جماعة الاخوان الارهابية عقب ثورة 30 يونيو التي اطاحت برئيسهم الراحل محمد مرسي. وجاء ذلك في إطار التحقيقات الموسعة التي تجريها جهات التحقيق المختصة مع المتهمين بالتحريض على ارتكاب احداث عنف بالميادين والطرق العامة بعدد من المحافظات، وما تبعها من أحداث لكشف حقيقة تنظيمها والمشاركين فيها، استجوبت النيابة عددا من المشاركين فى تلك الاحداث فى حضور محاميهم. اظهار ألبوم واعترف المتهمون خلال التحقيقات باشتراكهم فى اعمال عنف ببعض المناطق في محافظات الجمهورية، وكشفت اعترافاتهم عن أسباب مختلفة دفعتهم لذلك منها سوء أحوال بعضهم الاقتصادية، بينما أرجع بعض المعترفين اشتراكهم فى اثارة الفوضى إلى خداعهم من قبل صفحات أنشأت على مواقع التواصل الاجتماعى منسوبة لجهات حكومية ورسمية تدعو المواطنين لارتكاب اعمال ارهابية واكتشافهم بعد ضبطهم عدم صحة تلك الصفحات، بينما أرجع عدد آخر اشتراكه فى احداث العنف لمناهضته نظام الحكم. كما تضمنت اعترافات بعض المتهمين لقائهم بعناصر مجهولة بميدان التحرير تحرضهم على تصوير مشاهد من الميدان لبثها عبر قنوات فضائية المغرضة لتحريض المواطنين على اثارة العنف، كما أفصحت اعترافات متهمين آخرين عن اشتراك عناصر مسجلة جنائية وأخرى موالية لجماعة الإخوان بتلك الاحداث.
