انتقد «عبد الله سعد» مدير عام الشئون الأثرية بشرق القاهرة، التباطؤ الشديد فى تركيب القمريات والزجاج فى أماكنها ب«قبة مسجد الأمير كبير قرقماس» بمنطقة صحراء المماليك، مؤكدًا أنها ما زالت حبيسة المكاتب، ولم تر الشمس من عام 2005، وحتى الآن. وقال: إن المسجد تحول إلى أرشيف لحفظ المستندات، والسجلات الورقية من قبل شئون العاملين بقدرة قادر، موضحًا أن إدارة شئون العاملين، وإدارة الحسابات تقوم حاليًا باستخدام خلاوى الخانقاة الملحقة بالمسجد؛ لتخزين الملفات، والمستندات، والسجلات الورقية، وهى حاليًا مكدسة بالأوراق، والملفات الخاصة بالعاملين، لافتًا إلى أن العديد من المساجد تحول إلى مخازن للمستندات، وبعض بقايا مواد الترميم، ومخلفاته. ومن جانبه قال «محمد عبد الرحيم» رئيس قطاع الآثار الإسلامية والقبطية بوزارة الآثار: إن قلة الاعتمادات المالية وراء توقف المشروع، لافتًا إلى أنه لا يعلم متى تنتهى أعمال الترميم، مشيرًا إلى أن إدارة شئون العاملين خصصت مكانًا؛ لنقل الملفات المخزنة داخل المسجد إليها خلال عدة أسابيع بعد الانتهاء من تجهيز المخزن بالقلعة، لافتًا إلى أن إدارة شئون العاملين استغلت بعض أجزاء المسجد فى تخزين أوراقها؛ لعدم قدرتها على نقلها إلى مكان آخر، وحرصًا على عدم ضياعها.