كانت علاقة الخديو إسماعيل ببطريرك الأقباط علاقة احترام وتقدير، حتى إنه حين شرع فى بناء مدينة جديدة لقاهرة المعز تماثل مدن أوروبا بتوسيع الميادين والشوارع، اقتضى الأمر أن يفتح شارع كلوت بك، وكان من الضرورى هدم كنيسة قديمة موجودة فى الشارع. فعرض الخديو على الأنبا ديمتريوس أن يبنى له كنيسة بدلًا منها، وفى أى مكان آخر فى مقابل هدمها، لتوسعة شارع كلوت بك، والموجودة بالأزبكية حاليًا، فرفض بطريرك الأقباط، فاستجاب الخديو إلى رغبته وطلب تغيير خطة تطوير الشارع. ولم تتأثر العلاقة بينهما نتيجة موقف البطريرك، بل منح 1500 فدان لبطرخان الأقباط من الأطيان الموجودة بالمديريات على ذمة أراضى الدولة الميرى، وهذه المنحة مدونة بالوثيقة المحفوظة بقصر عابدين بتاريخ 31 ديسمبر 1866. وحين حدثت نهضة التعليم التى أحدثتها المدارس المسيحية فى مصر، والتى بلغ عددها 11 مدرسة فى عهده، 7 منها للبنين و4 للبنات، ومدرسة صناعية للبنين، فتبرع ب1500 فدان وقفًا لهذه المدارس. أيضا حالة أخرى للخديو، حين قام المعلم القبطى إبراهيم الجوهرى باستقبال أميرة تركية كانت فى زيارة إلى كنائس مصر، ومنها كنيسة مارجرجس بقرية سندبيس مديرية القليوبية وقتئذ، فوجد الجوهرى بناء الكنيسة متهالكًا وآيلًا للسقوط، فقدم طلبًا بترميمها إلى محمد أغا بك حاكم مديرية القليوبية، وكان ذا نفوذ وسطوة، ويخافه أهل القرية لقسوته وتعنّته، خصوصًا مع الأقباط. ورفض الأغا ترميم الكنيسة، فأبلغ الجوهرى الخديو إسماعيل بذلك، الذى أرسل بطلب راعى الكنيسة القمص غبريال يوسف، ولما استقبله وحكى له مظلمته بأن "الأغا" يصف بيتًا من بيوت الله بأنه بيت كفر، وهنا أمر الخديو بالقبض على محمد أغا وتجريده من وظيفته، وإقصائه إلى بلدته. وأمر أيضًا بأن ترسل قوة من الأمن إلى قرية سندبيس لمساندة القمص غبريال فى إتمام تجديد وبناء كنيسة مارجرجس. وفى عام 1878 أنشأ الخديو وزارة مصرية برئاسة نوبار باشا، لتكون أول وزارة يرأسها مسيحى فى عهد الأسرة العلوية.