قرر المجمع المقدس للكنيسة القبطية الأرثوذكسية، اختيار رافائيل سكرتيرًا له، لفترة ثانية مدتها ثلاث سنوات، وذلك بعد انتهاء فترته الأولى. وكان الأنبا روفائيل أبدى رغبته بعدم الاستمرار في منصبه، كسكرتير للمجمع المقدس، إلا أن البابا تواضروس الثاني، بابا الإسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية، وعددا من أساقفة المجمع، استطاعوا إقناعه بالاستمرار في منصبه لفترة ثانية.