أبدى عدد من علماء الأزهر استياءهم الشديد من آراء الشيخ «هاشم إسلام»، ووصفوها ب«التخرصات والآراء الصادمة» التى تنطلق من أهواء شخصية. الدكتور حسن الشافعى، مستشار شيخ الأزهر قال: إن الدكتور أحمد الطيب لم يقد العلمانية فى الأزهر الشريف -بحسب ادعاءات هاشم- مشددا فى تصريحات خاصة ل«فيتو» على أن «الطيب» قاد الأزهر الشريف إلى التنوير وجعله يسترد مكانته فى العالم الإسلامى ،التى سُلبت منه غدرا من قبل الأنظمة السابقة. وأوضح أن الطيب عندما وضع «قانون الأزهر» لم يكن يريد أى مصلحة من هذا القانون فلم يكن يطمع لأن يبقى شيخا للأزهر كما يقال أو أنه وضعه مفصلا عليه بل على العكس فقد تقدم باستقالته الى المجلس العسكرى بعد الثورة أكثر من مرة. وقال الشافعى: إن الذين يرددون مصطلح علمانية الأزهر لا يعرفون معناه، فالعلمانية -من وجهة نظر هؤلاء - كفر ونحن نرفض أن يتصف الإمام الأكبر شيخ الأزهر بهذا الوصف. وشدد على أن الأزهر الشريف هو محرك الثورات ومنبعها وحتى لايكون تابعاً لسياسة الدولة تم صياغة هذا القانون ليكون مستقلا بذاته عن أوامر وقرارات الدولة وليعود الأزهر كما كان. وفى شأن حد الحرابة، قال الدكتور محمد مهنى مستشار شيخ الأزهر ونائب رئيس اكاديمية التصوف العالمية: إن تلك التصريحات والفتاوى يجب إلقاؤها فى صناديق القمامة ولا يجب أن يلقى لها الأزهر بالا ولا ينزل إلى هذه المستويات المتدنية من التفكير. لافتا فى تصريحات ل«فيتو» إلى أن الدكتور أحمد الطيب كان عضوا شرفيا فى أمانة سياسات الحزب الوطنى السابق باعتباره رئيساً لجامعة الأزهر الشريف مثل أى رئيس جامعة أخرى, وأنه لم يكن يحضر أى اجتماع من اجتماعات الحزب الوطنى بل كان عضواً شرفيا فلم يكن يجلس معهم ليضع الخطط السياسية كما يتصور البعض. وقال إنه بعد أن تولى الطيب مشيخة الأزهر استقال فورا من الحزب الوطنى. وعن تحريم اتخاذ نائب رئيس من الأقباط، قال الدكتور مصطفى أبو عمار أستاذ الحديث بكلية أصول الدين بجامعة الأزهر أن تلك الفتوى غير صحيحة بالمرة لأن الإسلام أعطى حق الولاية العامة على المسلمين لمسلم، أما الولايات الأخرى كالنيابة له او مساعدي الحاكم أو مستشاريه فهو امر صحيح شرعا ولا مانع ان يتخذ الرئيس المسلم نائبا قبطيا له خاصة وان فى مصر شريحة كبيرة من الاقباط ولايعلم أمورهم الا من هو منهم، فهم شركاء فى الوطن وشركاء فى الحياة ولهم حقوقهم، التى من ضمنها أن يكون نائبا للرئيس.