قامت منظمة «فريدم هاوس» بالرد على المقال الذى نشرته الدكتورة فايزة أبو النجا، وزيرة التعاون الدولي، فى صحيفة الواشنطن بوست، ووجهت فيه اتهامات للمنظمة، بأنها تعمل بدون ترخيص فى مصر، وأنها تخضع للوبي الصهيوني في أمريكا . وأكدت المنظمة أنها تعمل بصورة قانونية فى مصر، وأن المنظمة تقدمت بطلب للحصول على تصريح من وزارة الخارجية المصرية، قبل «الغارة» عليها بثلاثة أيام . وشددت على أنها تقدمت بطلبات للحصول على تصاريح فى أعوام 2005 و 2006 ولم تتلق أى إجابة من الحكومة، وأن القانون 84 لسنة 2002 يعطي مقدم الطلب، الحق فى العمل، وممارسة النشاط، طالما لم يتلق ردًا على طلب الحصول على تصريح خلال 60 يومًا، وأن المنظمة تعمل فى مصر على هذا الأساس . وأضاف المسئول أن الوزيرة رددت مجموعة من الأكاذيب، وأنه عكس ما تقول الوزيرة، فإن فريدوم هاوس لا تمول أى أنشطة سياسية أو حزبية فى مصر أو مرشحين، وأن المنظمة تعمل فقط لدعم منظمات المجتمع المدني . وقد قامت السفارة الأمريكية بالقاهرة، بنشر رد منظمة «فريدوم هاوس» على موقعها على شبكة الإنترنت