كشف الدكتور محمد سيد طنطاوى عن أنه كان قريبا للإخوان عندما كان صغيرا لكنه فى نفس الوقت طالب بمعاقبة الطلاب الإخوان الذين شاركوا فى مظاهرة الميليشيات، وقال: لن نسمح للإخوان باختراق الأزهر، مطالبا طلاب الأزهر بالابتعاد عن السياسة وقال: أنا شخصيا أؤمن بأن الطالب للعلم فقط، وأن الأزهريين لابد أن يكون ولاؤهم للأزهر ومن لا يؤمن بالأزهر فليذهب إلى أى مكان آخر يريده. وأكد طنطاوى لبرنامج «صاحب المعالى» على قناة «أون. تى. فى» الذى يقدمه الكاتب الصحفى محمد حسن الألفى على أن هناك إجراءات تمنع من ظهور الميليشيات مرة أخرى، لافتا إلى أنها لو تكرر ظهورها سوف يكون عقابهم أشد. وفى تعليقه على تصريح سابق له ورد فيه «قطيعة تقطع بيريز واللى جابوا بيريز» قال طنطاوى إشمعنى أنا.. فقد كان هناك وفد من إيران والسعودية عندما دخل بيريز لم يترك أحد منهم المكان.. فهل كان المطلوب منى أن أترك المكان؟ ليه.. هو بعبع؟ وأضاف: المصافحة دى فيها إيه؟ هذه المصافحة ممكن تكون دليل تهذيب أو مجاملة، ومن يحملها على غير ذلك فليأتِ بدليل، هل عدم مصافحتى لبيريز هو الذى سيحرر فلسطين؟ وحول قضية مروة الشربينى كشف طنطاوى عن أن حالة مروة الشربينى ليست الأولى، فحكى عن عالم أزهرى كان مبعوثا لأحد المراكز الإسلامية فى لندن وكان يجلس فى المركز لاستقبال أسئلة الناس عن الدين الإسلامى، وفى أحد الأيام دخل عليه شخص وظل يضربه حتى أفقده البصر. وأشار إلى أنهم اتهموا هذا الرجل بأنه مختل عقليا، تماما مثل قضية مروة الشربينى مطالبا بأقصى عقوبة لقاتلها. وردا على رأيه فى قرار إلغاء الموالد قال إن الموالد لم تلغ، وإنما تم التخفيف منها بسبب الزحام، مشيرا إلى أنه عندما يقرر وزير الصحة تخفيف الزحام بسبب الأمراض لابد أن نقول سمعا وطاعة، وعن شرعية إقامة الموالد قال: إنها تختلف باختلاف المقاصد فإن كان القصد من الموالد الاحتفاء بفلان وما قدمه من خير والاقتداء به ففى هذه الحالة تجوز إقامة الموالد، أما غير ذلك فلا. وحول مسألة دخول الأقباط للدراسة بالكليات والمعاهد الأزهرية أكد على موافقته دخول الأقباط الكليات الأزهرية أو الدراسات العليا بشرط أن يكون حافظا للقرآن الكريم. وأشار طنطاوى إلى أنه لا يمانع من دراسة أى شخص للعلوم الأزهرية، بشرط أن تكون الرسالة التى يريد تقديمها مفيده، وأشار إلى أن علاقته بالبابا شنودة هى علاقة مودة ومحبة، قائلا: أنا أؤمن بحق المواطنة، أؤمن بأن أى خير يأتى لمصر سيعود بالخير علينا وعليهم. وحول ما إذا تمت دعوته للذهاب إلى الفاتيكان للنقاش قال: لست وحدى الذى أقرر ذهابى للفاتيكان إذا ما تمت دعوتى للحوار هناك،وأضاف أن بابا الفاتيكان السابق جاء له فى مكتبه وتناقش معه، ودافع عن البابا بنديكتس، وقال كل اللى حصل إن الراجل كان يجلس فى المحاضرة ثم استشهد بحاجة وكان هذا الشىء حوارا بين مسلم ومسيحى ولكن كان استشهاده خاطئا لكن 95% من المحاضرة كانت فى أمورهم الخاصة مشيرا إلى أنه قد أرسل رساله للفاتيكان بخطأ الاستشهاد بالمثل الذى قاله البابا.