نفي فضيلة الإمام الأكبر الدكتور أحمد الطيب شيخ الأزهر أن يكون ترحيبه بقبول طلاب الشيعة للدراسة بالمعاهد وجامعة الأزهر وسيلة لاختراق الفكر الشيعي لمصر السنية. وأوضح أن تصريحاته في الرابطة العالمية لخريجي الأزهر دليل علي الوسطية والتسامح الديني الذي يقوده الأزهر وقال: سنكون بالمرصاد لأي أجندة شيعية لاختراق مصر أو أي دولة إسلامية ذات غالبية سنية وفي نفس الوقت فإنه يسعي إلي استكمال مسيرة تقريب المذاهب التي بدأت في عهد شيخ الأزهر الأسبق محمود شلتوت. وأشار إلي أن الأزهر ليس لديه أجندة سياسية وإنما هو مؤسسة علمية أكاديمية إلا أنه لن يسمح بأي اختراق من الإخوان المسلمين للأزهر وهذا لا يعني العداء معهم بدليل أن قيادات الجماعة أرسلت إليه تهنئة بتوليه المشيخة ولكن هذا لا يعني تراجعه عن موقفه الرافض لتسييس الطلاب أو وجود ميليشيات طلابية داخل الحرم الجامعي. وقال: سأواصل مسيرة تطوير المناهج الأزهرية حتي تساعد علي إعداد داعية متمكن من تراثه ولديه وعي بقضايا عصره. في أول اجتماع برئاسة الامام الأكبر الجديد الدكتور أحمد الطيب أكد مجمع البحوث الإسلامية بالأزهر أن من يسب صحابة رسول الله صلي الله عليه وسلم فقد ارتكب إثما وكبيرة من الكبائر نظراً للمكانة العالية للصحابة في الإسلام ودورهم في نهضة الأمة وضرورة الاستفادة من حياتهم وتراثهم لاستنهاض الأمة الإسلامية من جديد. وذلك دون الإشارة إلي تكفير من يسب الصحابة بحسب فتاوي بعض الجهات العلمية الفقهية الأخري في العالم العربي التي تقضي بتكفير صريح لمن يسب الصحابة وايضا بلامخالفة لراي الدكتور سيد طنطاوي شيخ الازهر الراحل التي اعلنها خلال جلسات هذا المؤتمر قبل رحيله بايام بان سب الصحابة خروج من الملة ومن المعروف أن عقوبة ارتكاب الكبيرة في الإسلام أقل درجة من عقوبة التكفير وصدق المجمع علي عدم ظهور العشرة المبشرين بالجنة والرسل والأنبياء في الأعمال الدرامية مع جواز بحث امكانية ظهور أي من عظماء الإسلام. وهو ما يعد تطوراً جديداً في رأي الأزهر بالنسبة لظهور الصحابة في الأعمال الدرامية. قرر فضيلة الامام الأكبر د أحمد الطيب شيخ الأزهر وقف عمل لجنتي المصحف والفحص التابعين لإدارة البحوث والتأليف والترجمة بمجمع البحوث الاسلامية وذلك لحين إعادة النظر من جديد في عملها وتشكيل ادارات أخري للقيام بهذا العمل كما شمل قرار الامام الأكبر وقف استقبال مصاحف جديدة ترد من دور النشر من الداخل أو الخارج للسماح لها بالطبع والتداول وعدم استقبال أي كتب لفحصها وكتابة تقارير السماح أو المنع لها.