أنشأه محمد على الكبير رأس الأسرة العلوية عام 1830م، وتأسس الجامع فوق أطلال مباني قديمة من مخلفات زمن المماليك وتمت عمارته عام 1848م، وفي عهد عباس باشا الاول تمت نقوشه وزخارفه، وقد بني هذا المسجد على نسق المساجد العثمانية المشيدة فى اسطنبول وذلك بعد أن قام محمد على باشا بإصلاح أسوار القلعة وإنشاء القصور والمدارس ودواوين الحكومة بها، وبعدها أنشأ المسجد لتقام فيه الصلوات ويضم به مدفنه. في عهد سعيد باشا تم عمل احتفالات رسمية في خمس مناسبات من كل عام، وهي ليالي الإسراء والمعراج، والنصف من شعبان، ثم ثلاث ليال من شهر رمضان، وذكري وفاة محمد علي باشا، وأخيرا ليلة القدر.