ذكرت تحقيقات نيابة أمن الدولة العليا في قضية الخلية التابعة لتنظيم القاعدة التي تم ضبطها وأحيل أعضاؤها الأربعة إلى محكمة الجنايات – أن المتهم الأول (عمرو عقيده) قد اشترك في العمليات المسلحة التي يضطلع بها تنظيم القاعدة وحركة طالبان بدولة أفغانستان، ضد القوات الأفغانية والجيش الأمريكي هناك، والجيش الباكستاني، على حد قول التحقيقات. باشر التحقيق محمد خاطر وإلياس إمام وكيلا نيابة أمن الدولة العليا، بإشراف المستشار خالد ضياء الدين المحامي العام بنيابة أمن الدولة العليا، والمستشار تامر فرجاني المحامي العام الأول لنيابة أمن الدولة العليا. والمتهمون في القضية هم كل من: عمرو محمد أبو العلا عقيده (مهندس ميكانيكا – هارب) ومحمد صالح عبد الحميد حميده (طالب بكلية الحقوق – هارب) ومحمد مصطفى إبراهيم بيومي (محاسب) وداود الأسدي (كردي الجنسية – قيادي بتنظيم القاعدة – هارب). وكان النائب العام المستشار هشام بركات أحال المتهمين لمحكمة جنايات القاهرة، في ختام التحقيقات التي باشرتها النيابة معهم، والتي أسندت إليهم ارتكابهم جرائم التخابر مع تنظيم القاعدة، وإمداده بمعلومات وبيانات تتعلق بأفراد القوات المسلحة ومواقع انتشارها بشبه جزيرة سيناء، والاعتداء على الحريات العامة والحرية الشخصية للمواطنين، والإضرار بالوحدة الوطنية والسلام الاجتماعي، ومحاولة تغيير نظام الحكم بالقوة، والاعتداء على أفراد ومنشآت القوات المسلحة والشرطة، واستهداف مصالح الدول الأجنبية وممثليها من الدبلوماسيين بغية الإخلال بالنظام العام وتعريض سلامة المجتمع للخطر. وأظهرت التحقيقات أن المتهمين الأول والثاني (عمرو عقيده ومحمد صالح عبد الحليم حميده) كانا يستهدفان من وراء إنشاء الخلية الإرهابية في مصر والتي تتبع تنظيم القاعدة، القيام بعمليات عدائية بالبلاد ضد منشآتها ومؤسساتها ورجال القوات المسلحة والشرطة.. كما خططا لاستهداف الأقباط ودور عبادتهم وممتلكاتهم، وسفارات الدول الأجنبية وممثليها الدبلوماسيين في البلاد. وأضافت التحقيقات، أن المتهم الأول عقب مشاركته في معارك حركة طالبان ضد الجيش الباكستاني، انتقل إلى منطقة "وردك" بأفغانستان وشارك تنظيم القاعدة في عمليتين ضد الجيش الأمريكي، ثم تسلل إلى إيران قبل أن يتم ضبطه واعتقاله هناك ثم الإفراج عنه لاحقا، بحسب التحقيقات. وأشارت إلى أن المتهم الأول تعرف على المتهم الرابع (داود الأسدي – كردي الجنسية وعضو بتنظيم القاعدة) والذي عمل على تسفيره لدولة اليمن عبر سلطنة عمان، غير أنه ضبط بالأخيرة وتم ترحيله للبلاد في غضون عام 2011 واستمر في التواصل مع المتهم "الأسدي" وآخر يدعى "سلمان" من عناصر تنظيم القاعدة. وبحسب التحقيقات التي نسبت للمتهم الثاني، فإنه أقر بضبطه من قبل سلطات دولة الجزائر لتسلله إليها بطريق غير قانوني، وترحيله إلى البلاد وصدور أمر باعتقاله لمعلومات أشارت إلى انضمامه لجماعات "إرهابية" واستمرار ذلك الاعتقال حتى اقتحام سجن أبو زعبل المودع به إبان أحداث ثورة 25 يناير 2011 . وأشارت التحقيقات إلى أن فحص الهاتف المحمول المضبوط بحوزة المتهم الأول، أظهرت أنه يحتوي على برامج تشفير الرسائل الخاصة بالمجاهدين، وملفات لتنظيم القاعدة منها ملفات صوتية لأيمن الظواهري، وأساليب الإخفاء والتخفي والاستدراج والتحقيق والاستجواب الاستخباراتي. كما تبين من عمليات الفحص التي باشرتها مصلحة تحقيق الأدلة الجنائية، لوحدتي التخزين التي عثر عليها بحوزة المتهم الأول، وجود ملفات نصية خاصة بأمنيات الاتصال اللاسلكي وعبر شبكة الإنترنت، وأمن الأموال والمؤتمرات، وطرق نقل الأسلحة وإخفائها، وكيفية صناعة الصواريخ. كما عثر بداخل الهاتف المحمول للمتهم الثاني على مكالمات مسجلة صادرة وواردة مع أشخاص منهم من يدعى "التركمان" وآخرين، وجميعها تحمل الرمز الكودي لدولة تركيا، وكذا مكالمات أخرى صادرة لرقم يحمل الرمز الكودي لدولة سوريا والصفة الغربية بالأراضي الفلسطينية.. وتبين أن المواد المضبوطة هي مادة "نترات الأمونيوم" والتي تستخدم في تصنيع بعض المواد المفرقعة عن طريق خلطها بمواد وقودية للحصول على مخلوط بارودي، أو عن طريق خلطها بمواد وقودية للحصول على مفرقع "الأنفو" وأن هذه المواد في حكم المفرقعات استنادا إلى قرار وزير الداخلية حول المفرقعات. وتضمنت قائمة أدلة الثبوت شهادة 4 من ضباط قطاع الأمن الوطني، والذين جاء بشهادتهم أن المتهمين التحقوا بتنظيم القاعدة وحركة طالبان بمنطقة "مسعود" الباكستانية وتلقوا تدريبات عسكرية على الأسلحة وتصنيع العبوات المتفجرة واستعمالها وعلى الفنون القتالية.. وأن المتهمين كانوا على اتصال بعناصر من تنظيم القاعدة بباكستان، وتلقوا منهم تكليفات حول أنشطة الجماعات التكفيرية والجهادية بمنطقة سيناء، وأفراد القوات المسلحة، بحسب التحقيقات.