دخل المتهمون في أحداث قطع طريق قليوب الزراعي قفص الاتهام، فيما لم يحضر قيادات جماعة الإخوان المسلمين المتهمون في القضية، ومنهم محمد بديع وباسم عودة، وذلك بسبب محاكمتهم في قضية أحداث الاتحادية بأكاديمية الشرطة. وردد المتهمون عدة هتافات، من بينها: «يسقط يسقط حكم العسكر، كل المتهمين في القضية دكاترة ومهندسين وحافظين للقرآن، وحسبي الله ونعم الوكيل وعمرنا ما هننسى الشهداء، ثورة تاني من جديد، افرحي يا أم الشهيد الثورة رجعت من جديد». وأحال المستشار محمد عبد الشافي، المحامي العام لنيابات جنوبالقليوبية، المتهمين إلى محكمة الجنايات، لاتهامهم ب«التحريض على أحداث العنف وقطع الطريق الزراعي السريع بمدينة قليوب بمحافظة القليوبية»، حيث وجهت النيابة العامة للمتهمين تهم «الانضمام لجماعة إرهابية تدعو لنشر العنف ضد مؤسسات الدولة، وتعطيل حركة المرور، وإتلاف الممتلكات العامة والخاصة، وحيازة أسلحة نارية وبنادق آلية وذخائر، وأدوات تستخدم في الاعتداء على الأشخاص وترويع الآمنين وتكدير السلم العام وقطع الطريق الزراعي السريع لإصابة حركة المرور بالقاهرة الكبرى بالشلل التام».