الطريقة الجوهرية فرع من فروع الطريقة الشاذلية، ويؤكد الشيخ عيسى الجوهرى شيخ الطريقة الحالى أن أتباع الجوهرية سيطروا على مشيخة السجادة أى الطريقة الشاذلية فى مصر لقرنين من الزمن، وكل من ينتسب إلى الطريقة الشاذلية يأخذها عنهم مصبوغة بصبغة جوهرية، ويحمل اسم الشيخ الجوهرى الذى أخذ عنه ويعرف بتابع «الشيخ الجوهرى». ومع إنشاء أول تنظيم رسمى، مشيخة عامة للطرق الصوفية فى مصر، أواخر القرن الثالث عشر الهجرى وأوائل الرابع عشر، قام الشيخ حسن رمضان الجوهرى آخر شيوخ الجوهرية فى السجادة الشاذلية بإعلان الطريقة الجوهرية الشاذلية رسميا كإحدى الطرق الشاذلية المستقلة، ويوضح الشيخ عيسى أنه ساعده على ذلك تاريخ أجداده وكثرة أتباعهم، بالإضافة إلى ما كان يشغله هو نفسه من وظائف ذات مكانة دينية رفيعة. ويرجع نسب الجوهرية إلى السيد أحمد بن الحسن بن عبد الكريم الخالدى الشافعى الشاذلى الشهير بالجوهرى نسبة إلى المجوهرات التى كان يبيعها والده السيد حسن المصرى، ويرجع نسبه من جهة أبيه إلى الصحابى الجليل «خالد بن الوليد» رضى الله عنه، ومن جهة أمهات آبائه إلى سيدنا الحسن بن سيدنا الإمام على بن أبى طالب كرم الله وجهه وحفيد سيد الخلق سيدنا محمد صلى الله عليه وعلى آله وسلم. أما منهج الجوهرية فقد أسسه أحمد الجوهرى الكبير وسار عليه أتباع الطريقة فى تدريسهم وتوارثوه وأجازوا به أبناءهم وتلاميذهم، وكان يلقب بالكبير للتمييز بينه وبين ولده السيد أحمد بن أحمد الجوهرى. ويرجع سند الطريقة إلى السيد حسن رمضان الجوهرى مؤسس الطريقة رسميا حيث أسسها سنة 1275 ه /1858 م، رسميا حيث إنها لم تكن مسجلة رسميا قبل هذا الوقت. ومن أوراد الطريقة «أستغفر الله إن الله غفور رحيم».. مائة مرة فى الصباح ومائة مرة فى المساء، وسبحان الله وبحمده مائة مرة فى الصباح ومائة مرة فى المساء، ولا إله إلا الله سيدنا محمد رسول الله صلى الله عليه وسلم عشر مرات عقب كل صلاة، واللهم صل على سيدنا محمد وأزواجه وذريته خمسين مرة صباحا وخمسين مرة مساء، اللهم صلى على سيدنا محمد النبى الأمى وعلى آله وصحبه وسلم خمسمائة مرة فى كل يوم فى أى وقت يشاء، هذا بالإضافة إلى الأوراد الشاذلية المأخوذة عن السيد أبى الحسن الشاذلى كحزب البر والبحر والنصر. وتقام شعائر الطريقة واحتفالاتها الدينية بإحياء ليالى ذكر الله تعالى أو حلقات الذكر، وندوات الوعظ والإرشاد بشكل دورى أسبوعيا «مرتين أو ثلاثا فى كل مقر من مقرات الطريقة حسب الظروف المتاحة بالمكان» وكذلك فى رمضان ومولد الإمام الحسين رضى الله عنه وأرضاه ورأس السنة الهجرية والمولد النبوى فى مسجد السادة الجوهرية بحارة الجوهرى بالجمالية بالقاهرة، ومسجد «السيد محمد أبو الهادى الجوهرى» بالأزبكية بالقاهرة، ومسجد «عبد الله الجوهرى» بعابدين بالقاهرة، ومسجد «الشيخ عبدالفتاح الجوهرى» بالمنوفية، ومسجد «عبد الحميد الجوهرى» بمشتول بالشرقية. وتنتشر الطريقة فى كل محافظات مصر تقريبا، وتتركز فى المناطق التى يوجد فيها أكبر عدد من المريدين والنواب وخلفاء الخلفاء والخلفاء بالطريقة، بالإضافة إلى وجود بيوت كبيرة تابعة للطريقة بها أعداد كثيرة من المريدين والأتباع بحلوان وروض الفرج والجمالية بمحافظة القاهرة، والبدرشين بالجيزة، وقليوب وطوخ بالقليوبية، وشبراخيت، ودمنهور بالبحيرة، والباجور بالمنوفية، وسمالوط بالمنيا، ونقادة بقنا، وبمحافظة أسوان. ويعتبر نظام الانضمام إلى الطريقة الجوهرية الشاذلية وأخذ العهد إلى حد ما مشابها لمعظم الطرق الصوفية حيث إنه لا توجد شروط أو قيود للانضمام إلا أن تكون هناك رغبة من الشخص الذى يريد الانضمام فى ذلك ومن ثم يتقدم بطلب بهذا سواء إلى شيخ عموم الطريقة شخصيا أو لأحد أتباع الطريقة ويبدأ بعد ذلك بالانتظام فى حضور الدروس والندوات وحلقات الذكر مع حفظ القرآن الكريم والأحاديث النبوية الشريفة وأوراد الطريقة ويكون ذلك بإشراف أحد نواب الطريقة أو خليفة الخلفاء بالمنطقة السكنية وبعدها يحصل المريد على العهد من شيخه.