قال الدكتور على جمعة، مفتى الجمهورية: إن الإسلام يبيح الكفاح المسلح لدرء العدوان ومقاومة المعتدى، مؤكدا أن «جهاد الدفع جهاد مطلوب» واستشهد على ذلك بالآيات الواردة فى القرآن الكريم فى هذا الخصوص. وذكر مفتى الجمهورية فى رده على أسئلة عدد من المشاركين فى أعمال المؤتمر الدولى حول الإرهاب المنعقد بالمدينة المنورة حاليا أنه حتى مقررات جنيف الأولى والثانية تجيز مقاومة المعتدى، باعتبار ذلك كفاحا مسلحا وليس إرهابا، مؤكدا أن ذلك ينطبق تماما على الوضع فى فلسطين. وردا على سؤال حول توصيف فكر الإرهابيين بأنه فكر «الخوارج» قال الدكتور على جمعة: إن هذا الوصف أطلق باعتبار أن هؤلاء الإرهابيين يخرجون على المسلمين ويسفكون دماءهم ويروعون الآمنين.. مشيرا إلى أن النبى محمدا (صلى الله عليه وسلم) وصف الخوارج بأنهم «كلاب جهنم». وفيما يتعلق بالجهاد وموقف حكام المسلمين منه، أكد المفتى أن الجهاد يتطلب «المكنة» أى القدرة والامكانية والاستطاعة، وقد ضرب رسول الله (صلى الله عليه وسلم) المثل فى ذلك هو وأصحابه. وحول ربط الإرهاب بالإسلام، ولماذا يريد البعض إلصاق هذه التهمة بالمسلمين، ولماذا تخصص معظم الأبحاث العلمية المتعلقة بالإرهاب للحديث فقط عن المسلمين؟، قلل فضيلته من أهمية ذلك وقال: «إن قوائم الإرهاب الدولية تشمل 130 منظمة، بينها 20 منظمة إسلامية فقط، والباقى لديانات وتيارات أخرى». وعرض الدكتور على جمعة بحثا للإمام الأكبر الراحل شيخ الأزهر الدكتور محمد سيد طنطاوى، بعنوان: «مخاطر الإرهاب وآثاره» تناول فيه موضوع الإرهاب باعتباره جريمة تأخذ حكم الحرابة والإفساد فى الأرض. وطالب شيخ الأزهر فى بحثه بمعاقبة الإرهابيين بعقوبة الحرابة الواردة فى القرآن الكريم مستثنيا من تاب منهم قبل القبض عليه، ولم يكن قد حمل السلاح على بنى وطنه. كما شدد على أن الإرهاب جريمة دينية وتشويه قبيح لأحكام شريعة الإسلام، معتبرا، فى الوقت ذاته، الإرهاب جريمة اقتصادية لأنه هدم لمقومات الأمة فى ركن من أركان حياتها المادية وإهدار لما تملكه من الأموال عن طريق العدوان عليها بالتخريب والتدمير. ويدعو البحث إلى ضرورة المعالجة الفكرية للإرهاب عن طريق النصح والتوجيه السليم للشباب بجميع وسائل الإعلام المتاحة فى المجتمع، فإن لم ينفع النصح، فيجب توقيع العقوبات العادلة والرادعة ضد كل من يشهر السلاح أو يستخدمه فى ترويع الآمنين وسفك الدماء. وكان شيخ الأزهر الراحل قد قدم بحثه إلى الجامعة الإسلامية بالمدينة المنورة وهى الجهة المنظمة للمؤتمر قبل وفاته، حيث كان مقررا أن يعرضه بنفسه خلال فعاليات هذا المؤتمر الذى يحمل عنوان «الإرهاب بين تطرف الفكر وفكر التطرف».