رفض أفيجدور ليبرمان وزير الخارجية الإسرائيلي بشدة أن يكون مروان البرغوثي القيادي بحركة فتح المسجون في إسرائيل جزءا من عملية تبادل معتقلين فلسطينيين مقابل الإفراج عن الجندي الإسرائيلي الأسير لدى حركة حماس في غزة جلعاد شاليط. وقال ليبرمان في تصريح نقله التليفزيون الإسرائيلي: "يمكنني أن أضمن أن مروان البرغوثي لن يتم الإفراج عنه. ونحن لا ننوي أبدا الإفراج عنه لأنه ليس قاتلا وحسب، وإنما هو زعيم عصابة من القتلة" . وكان الجيش الإسرائيلي قد اعتقل مروان البرغوثي عام 2002 وصدرت بحقه في يونيو عام 2004 خمسة أحكام بالسجن المؤبد بعد توجيه اتهامات إليه بالتورط المباشر في أربع هجمات ضد الإسرائيليين أسفرت عن مقتل خمسة أشخاص خلال الانتفاضة الفلسطينية الثانية. ومروان البرغوثي هو أمين سر حركة فتح في الضفة الغربية وانتخب في أغسطس الماضي للمرة الأولى عضوا في اللجنة المركزية لحركة فتح خلال مؤتمر الحركة الذي عقد في مدينة بيت لحم بالضفة الغربية. وترددت احتمالات بالإفراج عنه في إطار عملية تبادل أسرى فلسطينيين مع شاليط. وأعربت السلطات الإسرائيلية عن استعدادها للإفراج عن 980 أسيرا فلسطينيا بينهم 450 اختارتهم حركة حماس, في حين اختارت إسرائيل 530 آخرين مقابل الإفراج عن شاليط. وكانت كتائب القسام الجناح العسكري لحركة حماس بمشاركة فصيلين فلسطينيين آخرين قد أسرت شاليط الذي يبلغ من العمر 23 عاما في 25 يونيو عام 2006 في عملية أطلقت عليها "الوهم المتبدد" في موقع كيرم شالوم "كرم أبو سالم" العسكري الإسرائيلي أقصى جنوب شرق قطاع غزة.