هنأ رؤساء الطوائف المسيحية الرئيس عبد الفتاح السيسي بحلول عيد الفطار المبارك، كما بعثوا ببرقيات تهاني أخرى لرئيس الوزراء الدكتور مصطفى مدبولي، وعددًا من الوزراء والتنفيذيين. وقال قداسة البابا تواضروس الثاني، بطريرك الكرازة المرقسية: «يسرني بالأصالة عن نفسي وباسم الكنيسة المصرية القبطية الأرثوذكسية أن أتقدم لكم ولجميع أحبائنا وإخوتنا المسلمين بخالص تهانينا القلبية بعيد الفطر المبارك، مصلين إلى الله أن ينعم عليكم بموفور الصحة ودوام التوفيق وأن يمدكم بالعون في جهودكم المباركة نحو النهوض بمصرنا الغالية، لكي تتحقق كل آمال وطموحات المصريين في بناء مصر الحديثة، وفقكم الله فيما لخير وطننا الحبيب». وقال الأنبا إبراهيم إسحاق، بطريرك الإسكندرية للأقباط الكاثوليك: «باسم مجلس البطاركة والأساقفة الكاثوليك بمصر، وكل المؤسسات والهيئات الكنسية، وبالأصالة عن نفسي، نهنئ الرئيس عبد الفتاح السيسي والشعب المصري بمناسبة عيد الفطر، وندعو الرب أن تكون هذه المناسبة ملئها السلام والرخاء لكل شعبنا الحبيب». وبعث الدكتور القس أندريه زكي، رئيس الطائفة الإنجيلية بمصر، برقية تهنئة للرئيس جاء نصها: «بالأصالة عن نفسي، وبالإنابة عن رؤساء المذاهب الإنجيلية بمصر وأعضاء المجلس الإنجيلي العام، يسعدني أن أقدم لسيادتكم خالص التهاني القلبية مقرونةً بأطيب التمنيات بمناسبة حلول عيد الفطر المبارك، وإذ ننتهز هذه المناسبة السعيدة، ندعو الله أن يعيده على سيادتكم بوافر الصحة ودوام السعادة وعلى شعب مصر العظيم الاستقرار والأمان، وكل عام وسيادتكم بخير». وبُعث أيضًا ببرقيات تهنئة مماثلة لكل من الدكتور مصطفى مدبولي رئيس الوزراء المكلف، والدكتور أحمد الطيب شيخ الأزهر، والأستاذ الدكتور علي عبدالعال رئيس مجلس النواب، ووكيلي المجلس النائب السيد الشريف والنائب سليمان وهدان، والدكتور شوقي علام مفتي الجمهورية، ووزراء الدفاع والداخلية والأوقاف والتضامن الاجتماعي والتعليم والزراعة والثقافة، ومحافظي القاهرة والجيزة والقليوبية والإسكندرية وبني سويف والمنيا وأسيوط وسوهاج والأقصر وأسوان.