قال الدكتور علاء رأفت عميد كلية دار العلوم بجامعة القاهرة، إن الاتهامات الموجهة له باعتباره أحد المنتمين لجماعة الإخوان المسلمين أمر غير حقيقي، لافتا إلى أنه يعمل بالكلية من قبل ثورة يناير، قائلا: «الجهات الأمنية مش نايمة على ودنها». وتابع «رأفت»، في تصريحات خاصة ل«الشروق»، أن كافة الإدعاءات حول أخونة الكلية وتسلل أساتذة ومساعدين ينتمون لجماعة الإخوان ممن حصلوا على شهادات الدكتوراة داخل الكلية «باطلة»، مؤكدا أن تعيين أعضاء جدد داخل الكلية يستلزم موافقة إدارة الجامعة والأجهزة الأمنية، موضحا أن من يتهم قيادات الكلية بالأخونة عليه أن يأتي أولا بالوثائق والدلائل قبل أن يتحدث عن ذلك. وردا على أنباء اختيار عميد آخر لكلية دار العلوم بعد الإتهامات الموجهة له بإنتماءه لجماعة الإخوان، قال «رأفت» إن حديث الدكتور محمد عثمان الخشت عن اختيار عميد آخر لكلية دار العلوم لا صلة له بالاتهامات والإدعاءات السابق ذكرها، لافتا إلى أن الكلية تستعد كباقي الكليات لاختيار عميد آخر لتولي مهام الكلية الفترة المقبلة وتم فتح باب التقدم للعمادة بالفعل. وواجه الدكتور علاء رأفت عدة اتهامات خلال الفترة الماضية بإنتماءه لجامعة الإخوان المسلمين، وكان آخرها تصريحات خالد منتصر الكاتب الصحفي، والذي شدد على ضرورة منع تسرب الإخوان إلى مفاصل الدولة، قائلاً: «إن القائم بأعمال عميد كلية دارالعلوم الدكتور علاء رأفت إخواني ولدى معلومات تدل على ذلك». كما علق الدكتور محمد عثمان الخشت رئيس جامعة القاهرة على الاتهامات الموجهة لعميد كلية دار العلوم، قائلاً إنه قام بتفعيل اللجنة المختصة لاختيار اختيار عميد جديد للكلية، موضحًا أن مصر دولة قوية وتستطيع أن تقود نفسها في طريق التنوير والثقافة. وأشار «الخشت»، في تصريحات سابقة، إلى أنه لن يسمح أحد بتسرب الإخوان داخل كليات جامعة القاهرة مجدداً، مضيفًا: «لابد أن تعود الكلية لشكلها الطبيعي وألا تكون امتدادا لأفكار حسن البنا وسيد قطب».