أصدرت هيئة النيابة الإدارية أصدر القرار رقم 541 لسنة 2016، بإيقاف خالد مجاهد عن العمل كمتحدث رسمى لوزارة الصحة، لمدة 3 أشهر؛ لحين انتهاء التحقيقات التى تجريها نيابة الصحة "قسم أول" معه حول البلاغات المقدمة ضده من بعض موظفى الوزارة. وقالت مصادر مطلعة بالوزارة، إن "الدكتور أحمد عماد الدين وزير الصحة، اجتمع مع المستشار حسام عبدالرحيم وزير العدل، اليوم الخميس؛ لمتابعة الإجراءات القانونية التي سيتم اتخاذها بشأن المتحدث باسم الوزارة. يأتي ذلك وسط تباين الأقاويل حول أسباب وقف مجاهد عن العمل؛ حيث أكد البعض أن السبب هو شكاوى الموظفين، بينما أكدت مصادر أخرى أن السبب يرجع إلى إصداره تصريحات مغلوطة عن قضية شبكة الإتجار بالأعضاء التي كشفتها الرقابة الإدارية الثلاثاء الماضي، في حين يتردد سبب آخر وهو خلاف بين مجاهد ووكيل نيابة إدارية داخل الوزارة، بسبب قيامه بتخصيص سيارات من الوزارة لبعض المقربين له بالديوان دون تصريح، بحسب المصادر. وكان موظفى المكتب الإعلامى بالوزارة قدموا شكاوى إلى النيابة الإدارية اتهموا خلالها الدكتور خالد مجاهد بتزوير فى جداول حضور الموظفين داخل الوزارة لصالح موظفين آخرين تابعين له للتخلص من المعارضين له، بحسب وصفهم. وورد بالشكاوى التى قدمت إلى النيابة الإدارية قيام "مجاهد" بمجاملة مديرة مكتبه الدكتورة ضياء مصطفى أثناء غيابها الذي وصفوه ب"غير المبرر" عن العمل، وقام بالتلاعب فى كشوف الحضور والانصراف لمهمات عمل، بأيام متتالية لمكان واحد، رغم أن قرار تعيينها "مديرة مكتب"، وفقًا لما جاء فى البلاغات التى تحقق فيها النيابة الإدارية. وجاء بالشكاوى أن مديرة مكتب المتحدث الإعلامي باسم الصحة تغيبت عن العمل ما يقرب من 75 يومًا خلال 5 أشهر، بداية من شهر يناير وحتى مايو من العام الجارى 2016، وقام مجاهد باعتماد مهمات عمل لمديرة مكتبه خارج مقر العمل بديوان الوزارة، بواقع 4 أيام للمجلس القومي للسكان و3 أيام لمركز التدريب بالعباسية إلى جانب عدة مهمات أخرى لسد خانات غيابها. فيما رفض المتحدث باسم الصحة الرد على الهاتف للتعليق على صحة القرار والاتهامات المنسوبة إليه من عدمه.