قال الدكتور أشرف توفيق شمس الدين، القاضي السابق وأستاذ القانون الجنائي بجامعة بنها، إنه "وفقاً لتعديل تشريعي أدخل على قانون الطيران المدني عام 2010، فإن القضاء المصري هو المختص بمحاكمة المواطن سيف الدين مصطفى المتهم بخطف الطائرة المصرية التي كانت متجهة من الإسكندرية للقاهرة، وإجبار قائدها على الهبوط بقبرص". وحول الاتهامات التي سيحاكم المتهم بناء عليها ومدى إمكانية تطبيق النصوص العقابية المستحدثة في قانون مكافحة الإرهاب عليه، أوضح شمس الدين أن "اختطاف الطائرة وترويع ركابها هي في حد ذاتها جرائم يعاقب عليها القانون" مضيفاً أن "تحقيقات النيابة العامة هي التي ستحدد ما إذا كانت جريمة اختطاف الطائرة والجرائم المرتبطة بها في تلك الواقعة قد تمت بدافع خاص أم توافر القصد الإرهابي لدى المتهم". وأضاف شمس الدين أن توافر دلك الدافع لدى المتهم من عدمه ستحدده تحقيقات النيابة العامة على ضوء مدى توافر تعريف الجريمة الإرهابية الوارد بقانون مكافحة الإرهاب، على ما أقدم عليه المتهم من عدمه. يشار إلى أن المادة 24 من قانون مكافحة الإرهاب الجديد تعاقب بالسجن المشدد مدة لا تقل عن 7 سنوات، كل من استولى بالقوة أو العنف والتهديد أو الترويع على وسيلة من وسائل النقل الجوي أو البري أو البحري أو النهري، أو المنصات الثابتة التي يتم تثبيتها بشكل دائم في قاع البحر بغرض اكتشاف أو استغلال الموارد، أو لأية أغراض اقتصادية أخرى، وذلك تحقيقًا لغرض إرهابي. وتكون العقوبة على الجرائم السجن المؤبد إذا كانت وسيلة النقل أو المنصة الثابتة تابعة للقوات المسلحة أو الشرطة، أو ارتكب الجاني عملاً من أعمال العنف ضد شخص يتواجد في أي منها، أو دمر الوسيلة أو المنصة الثابتة، أو تسبب في إلحاق أضرار بها يترتب عليها تعكيلها عن العمل بشكل دائم أو مؤقت. بينما تعاقب المادة 168 من قانون الطيران المدني بالسجن المشدد كل من يستولي على وسيلة من وسائل النقل الجوي أو يسيطر عليها، وبالسجن المؤبد كل من يستولي على الوسيلة مستعملاً العنف والضرب والجرح والإيذاء أو تهديد السلطات العامة، وتكون العقوبة الإعدام إذا نتج عن هذا الفعل وفاة شخص داخل الوسيلة أو خارجها.